Okres neolitu obejmuje epokę 3900-1700 p.n.e. Ludność łowiecka w Danii od dawna miała kontakt ze społeczeństwami rolniczymi w Europie Środkowej, ale dopiero około 3900 r. p.n.e. myśliwi zaczęli uprawiać ziemię i hodować zwierzęta. Obszary zalesione zostały wykarczowane, wypalone i zastąpione polami uprawnymi. Bydło, świnie i owce pojawiły się jako zwierzęta udomowione. Wielką zmianą było to, że ludzie mogli produkować własne produkty żywnościowe. Rybołówstwo przybrzeżne było nadal dobre i dlatego ludność rolnicza przez długi czas polowała i łowiła ryby w starych osadach na wybrzeżu.

Pomniki grobowe rolników w postaci dolmenów i grobów przejazdowych zostały zbudowane w całej Danii. Do dziś można je zobaczyć w wielu miejscach duńskiego krajobrazu. Można tu zobaczyć wspaniałe polerowane siekiery krzemienne i duże kolekcje bursztynowych paciorków, które ofiarowywano bogom w nadziei na dobre zbiory. Można też zobaczyć, jak zdobiony jest garnek Skarpsalling – najatrakcyjniejsze duńskie naczynie garncarskie z okresu neolitu. Można też dowiedzieć się więcej o tym, jak produkowano sztylety, takie jak ten z Hindsgavl, oraz inne narzędzia krzemienne.