W ostatniej połowie XVI w. kilku daimyō stało się na tyle silnych, by manipulować szogunatem Ashikaga na swoją korzyść lub całkowicie go obalić. Jedną z prób obalenia bakufu (japońskie określenie szogunatu) podjął w 1560 r. Imagawa Yoshimoto, którego marsz w kierunku stolicy zakończył się haniebnie z rąk Ody Nobunagi w bitwie pod Okehazamą. W 1562 r. klan Tokugawa, który sąsiadował na wschód od terytorium Nobunagi, uniezależnił się od klanu Imagawa i sprzymierzył się z Nobunagą. Wschodnia część terytorium Nobunagi nie została najechana przez ten sojusz. Nobunaga przesunął wtedy swoją armię na zachód. W 1565 r. sojusz klanów Matsunaga i Miyoshi próbował dokonać zamachu stanu, zabijając Ashikagę Yoshiteru, 13. shōguna Ashikagi. Wewnętrzne spory uniemożliwiły im jednak szybkie działanie w celu legitymizacji ich roszczeń do władzy i dopiero w 1568 r. udało im się mianować kuzyna Yoshiteru, Ashikagę Yoshihide, kolejnym shōgunem. Nie udało się jednak wejść do Kioto i uzyskać uznania dworu cesarskiego, co sprawiło, że sukcesja stała pod znakiem zapytania, a grupa zwolenników bakufu pod wodzą Hosokawy Fujitaki negocjowała z Nobunagą, by uzyskać poparcie dla młodszego brata Yoshiteru, Yoshiaki.
Nobunaga, który przez lata przygotowywał się na taką okazję, zawierając sojusz z klanem Azai w północnej prowincji Ōmi, a następnie podbijając sąsiednią prowincję Mino, pomaszerował teraz w kierunku Kioto. Po rozgromieniu klanu Rokkaku w południowym Ōmi Nobunaga zmusił Matsunagę do kapitulacji, a Miyoshi do wycofania się do Settsu. Następnie wkroczył do stolicy, gdzie z powodzeniem uzyskał uznanie cesarza dla Yoshiaki, który został piętnastym i ostatnim shōgunem Ashikaga.
Nobunaga nie miał jednak zamiaru służyć bakufu Muromachi i zamiast tego skierował swoją uwagę na zacieśnianie kontroli nad regionem Kinai. Opór w postaci rywalizujących ze sobą daimyō, nieprzejednanych mnichów buddyjskich i wrogich kupców był eliminowany szybko i bezlitośnie, a Nobunaga szybko zyskał reputację bezwzględnego, nieubłaganego przeciwnika. Wspierając swoje polityczne i militarne posunięcia, wprowadził reformę gospodarczą, usuwając bariery handlowe poprzez unieważnienie tradycyjnych monopoli posiadanych przez świątynie i gildie oraz promując inicjatywę poprzez ustanowienie wolnych rynków znanych jako rakuichi-rakuza.
Nowo zainstalowany shōgun Ashikaga Yoshiaki również był bardzo ostrożny wobec swojego potężnego nominalnego opiekuna Nobunagi i natychmiast zaczął spiskować przeciwko niemu, tworząc szeroki sojusz prawie wszystkich daimyō sąsiadujących z królestwem Ody. Należał do nich bliski sojusznik i szwagier Ody, Azai Nagamasa, niezwykle potężny Takeda Shingen, a także mnisi z ośrodka buddyjskiego Tendai na górze Hiei w pobliżu Kioto (który stał się pierwszą poważną ofiarą tej wojny, gdyż został całkowicie zniszczony przez Nobunagę).
Jak armia Ody została ugrzęzła w walce na każdym rogu, Takeda Shingen prowadził to, co było wtedy powszechnie uważane za najpotężniejszą armię w Japonii i maszerował w kierunku bazy Owari, łatwo miażdżąc młodego sojusznika Nobunagi i przyszłego shōguna Tokugawę Ieyasu w bitwie pod Mikatagahara po drodze.
Jednakże, jak armia Takeda był na krawędzi zatarcia sojuszu Oda-Tokugawa, Takeda Shingen nagle zginął, w tajemniczych okolicznościach. (Wiele wskazuje na to, że zginął na polu bitwy z ręki strzelca wyborowego, w wyniku zabójstwa przez ninja lub z powodu raka żołądka). Straciwszy nagle swojego przywódcę, armia Takeda szybko wycofała się z powrotem do swojej bazy w prowincji Kai, a Nobunaga został uratowany od krawędzi zniszczenia.
Po śmierci Takeda Shingen na początku 1573 roku, „Anti-Oda Alliance”, że Ashikaga Yoshiaki stworzył szybko rozpadł jak Nobunaga w szybkim tempie zniszczył sojusz klanu Asakura i klanu Azai, które zagrażały jego północnej flanki, a wkrótce potem wydalił shōgun sam z Kioto.
Nawet po śmierci Shingena pozostało kilka daimyō wystarczająco potężnych, by stawić opór Nobunodze, ale żadne z nich nie znajdowało się na tyle blisko Kioto, by stanowić zagrożenie polityczne, i wydawało się, że zjednoczenie pod sztandarem Ody jest kwestią czasu.
Wrogami Nobunagi byli nie tylko inni daimyō, ale także wyznawcy buddyjskiej sekty Jōdo Shinshū, którzy uczęszczali do Ikkō-ikki, kierowanej przez Kennyo. Wytrzymał on, choć Nobunaga przez dziesięć lat wciąż atakował jego twierdzę. Nobunaga wypędził Kennyo w jedenastym roku, ale przez zamieszki wywołane przez Kennyo, terytorium Nobunagi poniosło większość szkód. Ta długa wojna została nazwana Ishiyama Hongan-ji War.
Nobunaga był bardzo zainteresowany w obcych kulturach, zwłaszcza tych z Europy Zachodniej. Znaczna część zachodniej kultury chrześcijańskiej została wprowadzona do Japonii przez misjonarzy z Europy. Dzięki tej ekspozycji Japonia otrzymała nowe produkty żywnościowe, nową metodę rysowania, astronomię, geografię, nauki medyczne i nowe techniki drukarskie. Co najważniejsze, handel z Europą dostarczył armiom Nobunagi nową broń, wśród nich karabin z zapałkami lub arquebus.
Nobunaga postanowił zmniejszyć władzę klasztorów buddyjskich i dał ochronę chrześcijaństwu, choć sam nigdy nie nawrócił się na chrześcijaństwo. Wymordował wielu kapłanów buddyjskich, którzy stawiali mu opór, i spalił ich ufortyfikowane świątynie.
Działalność europejskich kupców i misjonarzy katolickich (Alessandro Valignano, Luís Fróis, Gnecchi-Soldo Organtino i wielu misjonarzy) w Japonii, nie mniej niż japońskie przedsięwzięcia za granicą, nadały temu okresowi kosmopolityczny smak.
W okresie od 1576 do 1579, Nobunaga zbudował, na brzegu jeziora Biwa w Azuchi, Azuchi Castle, wspaniały siedmiopiętrowy zamek, który miał służyć nie tylko jako fortyfikacja wojskowa nie do zdobycia, ale także jako wystawna rezydencja, która miała stać się symbolem zjednoczenia.
Zabezpieczywszy swoją kontrolę nad regionem Kinai, Nobunaga był teraz na tyle potężny, aby przydzielić swoim generałom zadanie podporządkowania sobie peryferyjnych prowincji. Shibata Katsuie otrzymał zadanie podbicia klanu Uesugi w Etchū, Takigawa Kazumasu zmierzył się z prowincją Shinano, którą rządzi syn Shingena Takedy Katsuyori, a Hashiba Hideyoshi otrzymał trudne zadanie stawienia czoła klanowi Mōri w regionie Chūgoku w zachodniej części Honshū.
W 1575 roku Nobunaga odniósł znaczące zwycięstwo nad klanem Takeda w bitwie pod Nagashino. Pomimo silnej reputacji kawalerii samurajów Takedy, Oda Nobunaga wykorzystał stosunkowo nową technologię arkebuzów i zadał im miażdżącą porażkę. Dziedzictwo tej bitwy wymusiło całkowitą zmianę tradycyjnych japońskich metod prowadzenia wojny.
W 1582 roku, po przedłużającej się kampanii, Hideyoshi poprosił Nobunagę o pomoc w pokonaniu nieustępliwego oporu. Nobunaga, zatrzymując się w Kioto w drodze na zachód z niewielkim kontyngentem straży, został zaatakowany przez jednego z własnych niezadowolonych generałów, Akechi Mitsuhide, i popełnił samobójstwo.