MODELLER jest używany do homologicznego lub porównawczego modelowania trójwymiarowych struktur białek (1,2). Użytkownik dostarcza wyrównanie sekwencji do modelowania ze znanymi strukturami pokrewnymi, a MODELLER automatycznie oblicza model zawierający wszystkie atomy niewodorowe. MODELLER realizuje modelowanie porównawcze struktur białkowych poprzez spełnienie ograniczeń przestrzennych (3,4) i może wykonywać wiele dodatkowych zadań, w tym modelowanie de novo pętli w strukturach białkowych, optymalizację różnych modeli struktury białkowej w odniesieniu do elastycznie zdefiniowanej funkcji celu, wielokrotne wyrównywanie sekwencji i/lub struktur białkowych, grupowanie, przeszukiwanie baz danych sekwencji, porównywanie struktur białkowych itp. MODELLER jest dostępny do pobrania dla większości systemów Unix/Linux, Windows i Mac.
Kilka graficznych interfejsów do MODELLERA jest dostępnych komercyjnie. Istnieje również wiele innych zasobów i osób używających Modellera w graficznych lub internetowych interfejsach lub innych frameworkach.
- B. Webb, A. Sali. Comparative Protein Structure ModelingUsing Modeller. Current Protocols in Bioinformatics 54, John Wiley& Sons, Inc, 5.6.1-5.6.37, 2016.
- M.A. Marti-Renom, A. Stuart, A. Fiser, R. Sánchez,F. Melo, A. Sali. Comparative protein structure modeling of genes and genomes.Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 29, 291-325, 2000.
- A. Sali & T.L. Blundell.Comparative protein modelling by satisfaction of spatial restraints. J.Mol. Biol. 234, 779-815, 1993.
- A. Fiser, R.K. Do, & A. Sali.Modeling of loops in protein structures, Protein Science 9. 1753-1773,2000.
Aktualna wersja programu Modeller to 10.1, która została wydana 18 marca 2021 roku. Modeller jest obecnie utrzymywany przez Bena Webba.