Stare miasto, Noto Antica, leży 8 kilometrów (5 mil) bezpośrednio na północ na górze Alveria. Miasto pochodzenia sycylijskiego, w czasach starożytnych znane było jako Netum. W 263 roku p.n.e. miasto zostało przyznane Hiero II przez Rzymian. Według legendy, Dedal zatrzymał się w mieście po swoim locie nad Morzem Jońskim, podobnie jak Herkules po wykonaniu siódmego zadania. W czasach rzymskich sprzeciwiło się magistratowi Verresowi.
W 866 roku zostało podbite przez muzułmanów, którzy wynieśli miasto do rangi stolicy jednego z trzech okręgów wyspy (Val di Noto). W 1091 roku stała się ostatnią islamską twierdzą na Sycylii, która padła łupem chrześcijan. Później stało się bogatym miastem normańskim.
W XVI i XVII wieku, miasto było domem dla kilku znaczących postaci intelektualnych, w tym Giovanni Aurispa, prawników Andrea Barbazio i Antonio Corsetto, a także architekta Matteo Carnelivari i kompozytora Mario Capuana. W 1503 roku król Ferdynand III nadał mu tytuł civitas ingeniosa („Miasto genialne”). W kolejnych wiekach miasto rozrosło się, wykraczając poza swoje średniowieczne granice, a nowe budynki, kościoły i klasztory zostały zbudowane.
Średniowieczne miasto Noto zostało praktycznie zrównane z ziemią przez trzęsienie ziemi na Sycylii w 1693 roku. Ponad połowa ludności podobno zginęła w wyniku trzęsienia ziemi. Zdecydowano się odbudować miasto w obecnym miejscu, na lewym brzegu rzeki Asinaro, bliżej brzegu Morza Jońskiego. Te okoliczności spowodowały, że miasto ma wyjątkową jednorodność architektoniczną, ponieważ rdzeń miasta został zbudowany w ciągu następnych dziesięcioleci po katastrofie w tym, co jest typowe i bardzo dobrze zachowany przykład sycylijskiego baroku. Układ był zgodny z systemem siatki autorstwa Giovanni Battista Landolina i wykorzystał pochyłe zbocza wzgórza dla efektów scenograficznych. Architekci Rosario Gagliardi, Francesco Sortino i inni uczestniczyli w projektowaniu wielu struktur. Miasto zostało nazwane „Kamiennym Ogrodem” przez Cesare Brandi i jest obecnie wpisane na listę światowego dziedzictwa UNESCO. Wiele z nowszych struktur zbudowanych jest z miękkiego kamienia tufa, który w świetle słonecznym nabiera miodowego odcienia. Części katedry, jednak niespodziewanie zawaliły się w 1996 roku.
Miasto, które straciło status stolicy prowincji w 1817 roku, zbuntowało się przeciwko Domowi Burbonów 16 maja 1860 roku, pozostawiając swoje bramy otwarte dla Giuseppe Garibaldiego i jego ekspedycji. Pięć miesięcy później, 21 października, plebiscyt przypieczętował przyłączenie Noto do Piemontu.
W 1844 r. Noto zostało uznane za diecezję, ale w 1866 r. ucierpiało z powodu likwidacji cechów religijnych, które były głęboko związane ze strukturami i budynkami miasta.