Nerja ma długą historię, o czym świadczą prymitywne malowidła znalezione w jej słynnych jaskiniach Nerja, odkrytych w 1959 roku. Obecnie uważa się, że jaskinie te są tylko jednym z wejść do połączonej serii zapadlisk rozciągających się na wiele mil w górach pomiędzy Nerja i Granadą, i które mogą okazać się jednym z najbardziej rozległych niezbadanych systemów w Europie. Odwiedzający jaskinie będą mogli zobaczyć szczątki jednego ze starożytnych mieszkańców Nerja.
Rzymianie zbudowali tutaj trzy osady, w tym Detunda, której duże pozostałości można teraz zobaczyć. Obszar ten został później przejęty przez Arabów na początku VIII wieku. Pod panowaniem Maurów, miasto było znane jako Narixa, co oznacza „obfite źródło”, od którego pochodzi obecna nazwa.
Jego produkty rolne i jedwabne są znane w całym świecie muzułmańskim i na rynkach Damaszku już w X wieku.
Balcón de Europa, mirador lub punkt widokowy, który daje wspaniałe widoki na morze, znajduje się w centrum starego miasta. Powszechnie uważa się, że jego nazwa została ukuta przez króla Alfonsa XII, który odwiedził ten obszar w 1885 roku po katastrofalnym trzęsieniu ziemi i był oczarowany tą sceną. Lokalny folklor mówi, że stanął on na miejscu, gdzie obecnie stoi Balcón i powiedział: „To jest balkon Europy”. Lokalne dokumenty archiwalne dowodzą, że jego nazwa pochodzi od tej wizyty, ale nie przeszkodziło to władzom w umieszczeniu naturalnej wielkości (i często fotografowanej) statuy króla stojącej przy balustradzie.
Obszar Balcón był pierwotnie znany jako La Batería, w odniesieniu do baterii dział, które znajdowały się tam w ufortyfikowanej wieży. To stanowisko i podobna wieża w pobliżu zostały zniszczone podczas wojny półwyspowej. W maju 1812 roku brytyjskie okręty Hyacinth, Termagant i Basilisk wspierały hiszpańskich partyzantów na wybrzeżu Grenady, przeciwko Francuzom. W dniu 20 maja Termagant lub Hyacinth otworzyły ogień i forty zostały zniszczone. Dwa zardzewiałe działa ustawione na końcu Balcón przypominają o tych brutalnych czasach. Ogromne bryły skalne, pozostałości La Batería, widoczne w morzu na końcu Balcón, są kolejnym dowodem tej akcji.
.