W 1931 roku United States Public Health Service utworzył Dental Hygiene Unit w National Institutes of Health. Wyznaczony jako pierwszy pracownik naukowy w dziedzinie stomatologii, dr H. Trendley Dean badał społeczności dotknięte chorobą jamy ustnej znaną jako cętkowane szkliwo. Po przeprowadzeniu prób fluoryzacji wody w Grand Rapids w stanie Michigan prezydent Harry S. Truman 24 czerwca 1948 r. powołał Narodowy Instytut Badań Stomatologicznych (NIDR). Pierwsze granty i stypendia, które wspierały badania stomatologiczne, zostały przyznane w następnym roku.
W dążeniu do rozszerzenia NIDR, plany finansowania budowy budynku dla instytutu zostały zatwierdzone przez prezydenta Dwighta D. Eisenhowera w 1958 roku. Narodowy Instytut Badań Stomatologicznych założył również Laboratorium Biochemii, aby kontynuować badania dotyczące struktury i funkcji różnych białek. Kontynuując ten rozwój, w 1967 roku zatwierdzono grant na rozwój kilku stomatologicznych placówek badawczych na różnych uniwersytetach. Program ten miał nadzieję na ustanowienie środowisk badawczych i szkoleniowych, jak również promowanie interdyscyplinarnego podejścia do zwalczania chorób jamy ustnej.
W uzupełnieniu do Laboratorium Biochemii, inne laboratoria zostały założone w latach 1974 i 1975. Te nowo utworzone laboratoria koncentrowały się na dziedzinie medycyny jamy ustnej, a także na dziedzinach mikrobiologii i immunologii. Kolejna próba rozszerzenia badań została podjęta dekadę później. Program Dentist Scientist Award miał na celu zapewnienie dentystom możliwości i zachęty do prowadzenia niezależnych badań dotyczących zdrowia jamy ustnej.
W 1986 r. NIDR zakończyło najobszerniejsze badanie dotyczące zdrowia jamy ustnej dorosłych Amerykanów. Badanie to było pierwszym, które miało na celu zbadanie chorób jamy ustnej na dużą i szczegółową skalę. Po tym badaniu, w 1993 r., utworzono National Oral Health Information Clearinghouse. Celem tej bazy danych jest zapewnienie zasobów dla pracowników służby zdrowia, pacjentów i ogółu społeczeństwa w zakresie zdrowia jamy ustnej. Kontynuując swoją misję rozpowszechniania ważnych informacji zdrowotnych, NIDR uruchomił swoją oficjalną stronę internetową w 1996 r.
Podążając za swoją 50. rocznicą, NIDR zmienił nazwę na Narodowy Instytut Badań Stomatologicznych i Czaszkowo-Szczękowo-Twarzowych (NIDCR).
W 2001 r. NIDCR opublikował swój odnowiony plan eliminacji nierówności w zakresie zdrowia jamy ustnej w Stanach Zjednoczonych. Instytut podążył za tym planem, ustanawiając pięć nowych Centrów Badań nad Zmniejszaniem Różnic w Zdrowiu Jamy Ustnej.
Dziesięć lat później Martha J. Somerman została mianowana ósmym dyrektorem NIDCR. Poprzez pielęgnowanie badań podstawowych i rozwój naukowców, NIDCR ma na celu promowanie zdrowia, zapobieganie chorobom i stanom oraz opracowywanie nowych metod diagnostycznych i terapeutycznych.
.