Nanoscale Molecular Dynamics (NAMD, dawniej Not Another Molecular Dynamics Program) to oprogramowanie komputerowe do symulacji dynamiki molekularnej, napisane przy użyciu modelu programowania równoległego Charm++. Wyróżnia się wydajnością równoległą i jest często używany do symulacji dużych układów (miliony atomów). Został opracowany dzięki współpracy Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB) oraz Parallel Programming Laboratory (PPL) na University of Illinois at Urbana-Champaign.
University of Illinois at Urbana-Champaign: Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB), Parallel Programming Laboratory (PPL)
1995; 26 lat temu
C++
Cross-platform: Windows, Linux, macOS, Unix
x86, x86-64
angielskim
Symulacja dynamiki molekularnej
Proprietary, freeware for noncommercial use
www.ks.uiuc.edu/Research/namd
Został wprowadzony w 1995 roku przez Nelsona et al. jako kod równoległej dynamiki molekularnej umożliwiający interaktywną symulację poprzez połączenie z kodem wizualizacyjnym VMD. Od tego czasu NAMD dojrzał, dodając wiele funkcji i skalując się poza 500,000 rdzeni procesora.
NAMD posiada interfejs do pakietów chemii kwantowej ORCA i MOPAC, jak również skryptowy interfejs do wielu innych pakietów kwantowych. Razem z Visual Molecular Dynamics (VMD) i QwikMD, interfejs NAMD zapewnia dostęp do hybrydowych symulacji QM/MM w zintegrowanym, wszechstronnym, konfigurowalnym i łatwym w użyciu pakiecie.
NAMD jest dostępny jako freeware do niekomercyjnego użytku przez osoby prywatne, instytucje akademickie i korporacje do wewnętrznych zastosowań biznesowych.