Pomimo, że większość piosenek na My Brain Hurts została napisana przez Weasela, podobnie jak materiał na poprzednich albumach zespołu, zaczął on również współpracować bardziej z Vapidem, a mniej z Jugheadem. Jedynym utworem na albumie, który wymienia Jugheada jako współautora jest „Fathead”, którego oryginalna wersja pojawiła się wcześniej na EP-ce Punkhouse. Z perspektywy czasu, Weasel nazwałby Vapida „jedyną osobą, z którą czułem się komfortowo pisząc piosenki.”

Gitarowy lead do „Guest List” został pierwotnie napisany przez Vapida do piosenki Sludgeworth, ale „po prostu nie działał”, podczas gdy refren „wpadł mi do głowy”, gdy przejeżdżał przez Roscoe Village w North Center, Chicago na krótko przed tym, jak zespół udał się na nagranie albumu. Podczas podróży do Olympia, Washington, Vapid pokazał to co napisał Weaselowi, który połączył pomysł na lead i refren w jedną piosenkę. Weasel podniósł również lead o oktawę, co było podobno „hat tipem dla lokalnych bohaterów Naked Raygun”. Weasel napisał większość tekstu do piosenki, ale powiedział, że „’Now I get to watch her dance like the other weirdos do’ was a line that only could’ve come from Vapid.”

Według Vapida, „Veronica Hates Me” zaczęło się jako gra na piosence Material Issue „Valerie Loves Me”. „W tamtym czasie chyba żywiliśmy złą wolę wobec ich wokalisty, Jima Ellisona, za to, że zrugał nas na promowanym przez siebie koncercie”, stwierdził Vapid. Podczas pisania piosenki, Weasel powiedział, że „próbował wziąć standardowe akordy używane w starym rock 'n’ rollu i zaktualizowane przez Ramones i trochę je przekręcić.” Weasel stwierdził, że kiedy zaczął pisać piosenkę, przyjął zasadę, że nie będzie „wychodził poza standardowe cztery akordy używane w tym stylu piosenki”. „W przerwie użyłem tradycyjnej aranżacji, aby dać słuchaczowi to, co zakładałem, czego by chciał po tym, jak wytrzymałem przez większość piosenki” – powiedział. Pomimo tego, że nie był współautorem z Vapidem, Weasel powiedział, że napisał tę piosenkę „z myślą o nim”, wyjaśniając, że „niektóre z moich najlepszych piosenek z tego czasu powstały wyłącznie z mojego pragnienia napisania piosenek, które zrobiłyby na nim wrażenie.”

Weasel stwierdził, że „miał bzika aranżując 'I Can See Clearly'”, przyznając, że „to był pierwszy raz, kiedy zrobiłem porządną aranżację czyjejś piosenki i byłem bardzo zadowolony z rezultatów.” Aranżacja grupy nie zawierała jednak mostka z oryginału. „Nasza wersja tak naprawdę nie uzasadniała mostka, więc zastąpiłem go otwierającym leadem gitary, który następnie zmienił się w melodyjny lead na ostatnie cztery takty”, powiedział Weasel.

„The Science of Myth” został częściowo zainspirowany dokumentem PBS z 1988 roku Joseph Campbell and the Power of Myth. Weasel stwierdził, że „zainteresował się zastosowaniem wierzeń duchowych” po jego obejrzeniu i próbował napisać i zaaranżować piosenkę w stylu „preferowanym przez typ zespołu punkowego, który zazwyczaj pisałby piosenki antyreligijne.” Zainspirowała go również piosenka The Mr. T Experience „The History of the Concept of the Soul”, mówiąc, że „chciał spróbować zrobić coś podobnego, pisząc to, co wyglądałoby jak wersja Cliff’s Notes eseju i sprawiając, że płynie, zamiast pisać to w sposób konwencjonalnego rockowego tekstu.” Pierwotnie Weasel debatował nad nieumieszczeniem tej piosenki na albumie, mówiąc, że wydawała się „trochę nie na miejscu”, ale później zdecydował się ją włączyć po jej nagraniu.

.