Komisja Rzeki Missisipi została utworzona w 1879 r. w celu ułatwienia poprawy stanu rzeki Missisipi od Head of Passes w pobliżu jej ujścia do jej źródeł. Zadaniem Komisji było opracowanie i wdrożenie planów poprawy, stałej lokalizacji i pogłębienia koryta rzeki Missisipi, poprawa bezpieczeństwa i łatwości żeglugi, zapobieganie niszczącym powodziom oraz promowanie i ułatwianie handlu i usług pocztowych.
Przez prawie pół wieku MRC funkcjonowała jako organ wykonawczy podlegający bezpośrednio Sekretarzowi Wojny USA. Wielka powódź na Missisipi w 1927 roku zmieniła misję MRC. Na mocy ustawy o kontroli powodzi z 1928 roku utworzono Projekt Rzeki Missisipi i jej dopływów (MR&T). Ustawa ta przypisała odpowiedzialność za opracowanie i wdrożenie Projektu Rzeki Missisipi i Dopływów (MR&T) Komisji Rzeki Missisipi. Projekt MR&T przewiduje kontrolę powodzi na rzece Missisipi od Head of Passes do okolic Cape Girardeau w stanie Missouri, kontrolę powodzi na dopływach i ujściach rzeki Missisipi, na które mają wpływ jej cofki, oraz usprawnienie żeglugi na rzece Missisipi od Baton Rouge w stanie Luizjana do Cairo w stanie Illinois. Obejmuje to poprawę niektórych portów i poprawę żeglugi na rzekach Old i Atchafalaya od rzeki Missisipi do Morgan City w stanie Luizjana.
W komisji zasiada siedmiu członków. Obecnym przewodniczącym Komisji Rzeki Mississippi jest generał major Kaiser z Korpusu Inżynierów Armii Stanów Zjednoczonych. Misja jest realizowana przez United States Army Corps of Engineers Mississippi Valley Division Districts w St. Paul, Rock Island, St. Louis, Memphis, Vicksburgu i Nowym Orleanie.
Kwatera główna operacji znajduje się w Historic Downtown Vicksburg w budynku Komisji Rzeki Mississippi.
.