W bioinformatyce, miRBase jest biologiczną bazą danych, która działa jako archiwum sekwencji i adnotacji mikroRNA. Według stanu na wrzesień 2010 roku zawierała informacje o 15 172 mikroRNA. Do marca 2018 roku liczba ta wzrosła do 38 589. Rejestr miRBase zapewnia scentralizowany system przypisywania nowych nazw do genów mikroRNA.

miRBase

MiRBase logo.png

Content

Description

microRNA database

Contact

Research center

University of Manchester

Autorzy

Ana Kozomara

Cytowanie główne

Kozomara & al. (2011)

Release date

Access

Website

www.mirbase.org

miRBase wyrosła z zasobu microRNA registry założonego przez Sama Griffiths-Jonesa w 2003 roku.

Według Any Kozomary i Sama Griffiths-Jonesa miRBase ma pięć celów:

  1. Zapewnić spójny system nazewnictwa dla mikroRNA
  2. Zapewnić centralne miejsce gromadzące wszystkie znane sekwencje mikroRNA
  3. Zapewnić czytelne dla człowieka i komputera informacje dla każdego mikroRNA
  4. Dostarczyć pierwotne dowody dla każdego mikroRNA
  5. Zagregować i połączyć z informacjami o celach mikroRNA

MiRBase zawiera miRNA należące do różnych gatunków należących do Alveolata, Chromalveolata, Metazoa, Mycetozoa, Viridiplantae i Viruses. Dla Viridiplantae, w wydaniu 21 (2014) dostępne są dane dla 73 gatunków. Obejmuje to 4800 unikalnych dojrzałych miRNA i 8480 sekwencji prekursorowych.

Aktualną wersją MiRBase jest release 22 (marzec 2018).

.

Dodaj komentarz

Twój adres e-mail nie zostanie opublikowany.