W celu zidentyfikowania genów i funkcji genów, które leżą u podstaw kluczowych aspektów biologii roślin strączkowych, naukowcy wybrali chłodną roślinę strączkową Medicago truncatula jako system modelowy do badań nad roślinami strączkowymi. Misją Konsorcjum M. truncatula jest promowanie nieograniczonego dostępu do danych i informacji, które są dostarczane przez grupy badawcze z całego świata. Poprzez integrację różnorodnych danych i narzędzi, strona medicago.org ma na celu ułatwienie postępu w dziedzinie genomiki strukturalnej, porównawczej i funkcjonalnej. W tym celu, jako partner konsorcjum, Center for Computational Genomics and Bioinformatics (CCGB) na Uniwersytecie Minnesota opracował MtDB2.0, bazę danych M. truncatula w wersji 2.0. Baza danych MtDB2.0 jest pierwszym krokiem w kierunku globalnej integracji genomicznych, genetycznych i biologicznych informacji o M. truncatula. MtDB2.0 jest relacyjną bazą danych, która integruje dane transkryptomu M. truncatula i zapewnia szeroki zakres opcji eksploracji danych zdefiniowanych przez użytkownika. Baza danych jest przeglądana za pomocą serii interfejsów, z 58 opcjami pogrupowanymi w dwa filtry. Identyfikatory sekwencji ze wszystkich publicznych witryn M. truncatula są w pełni wzajemnie powiązane, aby ułatwić porównywanie różnych witryn, a hipertekstowe odnośniki do odpowiednich rekordów bazy danych są dostarczane dla wszystkich wyników zapytań. Celem MtDB jest zapewnienie badaczom środków do szybkiej i niezależnej identyfikacji sekwencji, które odpowiadają określonym zainteresowaniom badawczym w oparciu o kryteria zdefiniowane przez użytkownika. MtDB2.0 oferuje nieograniczony dostęp do zaawansowanych i potężnych narzędzi zapytań, nieporównywalnych z żadną inną publiczną bazą danych. Zapytania kodowane w języku Structurad Query Language (SQL), z interfejsem użytkownika opartym na Javie, zawierają różne filtry, które pozwalają na wyrafinowaną eksplorację danych z wyników projektu sekwencjonowania znaczników sekwencji ekspresyjnej, w tym zestawu Unigene CCGB M. truncatula wygenerowanego za pomocą asemblera Phrap. Bazowa baza danych i oprogramowanie zapytań zostały zaprojektowane tak, aby ułatwić aktualizacje i możliwość przenoszenia na inne organizmy modelowe. Publiczny dostęp do bazy danych jest pod adresem http://www.medicago.org/MtDB.

Dodaj komentarz

Twój adres e-mail nie zostanie opublikowany.