OntoBee AberOWL OLS NCBI

Otologia NCBITaxon jest automatycznym tłumaczeniem bazy danych taksonomii NCBI na język obo/owl.

Tłumaczenie traktuje każdy takson jako klasę obo/owl, której instancje (dla większości gałęzi ontologii) byłyby pojedynczymi organizmami. Na przykład:

'Craig Venter' instance_of NCBITaxon_9606 (Homo sapiens)

Tłumaczenie wiernie odtwarza całą zawartość źródłowej bazy danych, nawet jeśli jest to sprzeczne z wytycznymi OBO. Na przykład:

• Klasa korzeni jest nazywana „korzeń”, a nie coś w rodzaju „organizm”
• Używane są nazwy własne (zarówno nazwy Linneusza, jak i nazwy zwyczajowe). Np. „ssaki”
• Organizmiczność niektórych klas może być kwestionowana – albo biologicznie („wirusy”), albo ontologicznie („próbki środowiskowe”)
• Synonimy mogą zawierać cudzysłów jako część tekstu

PURLs

PURLs dla tej ontologii to:

• http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon.owl (oficjalny purl dla ontologii)
• http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon.obo (wersja obo-format)

PURLs powinny być rozwiązywalne w OntoBee. E.g.

• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_9606 (Homo sapiens)
• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_7711 (Chordates)
• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_7955 (Danio rerio)

Releases

Releases of the obo/owl happen when the Continuous IntegrationJob is manuallytriggered. Obecnie musi to zrobić administrator OBO. Nie ma obecnie ustalonego cyklu i generalnie jest to robione na żądanie. Zespół, który nieformalnie się tym zajmuje, to:

• James Overton, IEBD/OBO
• Frederic Bastian, BgeeDb/Uberon
• Chris Mungall, LBNL/GO/Monarch/Uberon/OBO
• Peter Midford, Phenoscape

Skontaktuj się z listą mailingową (patrz poniżej), aby uzyskać komentarze na ten temat.

Extensions

The GO uses an extension of NCBITaxon for grouping purposes. Zobacz:

• http://purl.obolibrary.org/obo/go/extensions/go-taxon-groupings.owl

Ta ontologia zawiera nowe klasy w przestrzeni nazw NCBITaxon_Union. Wszystkie te klasy są zdefiniowane przy użyciu unii – na przykład Prokaryote = Eubacteria OR Archae

Taxon Constraints

Jednym z głównych zastosowań ontologii NCBITaxon jest definiowanie ograniczeń taksonów w ontologii wielogatunkowej. Aby uzyskać szczegółowe informacje, zobacz:

• Wacław Kuśnierzczyk (2008) Taxonomy-based partitioning of the Gene Ontology, Journal of Biomedical Informatics
• Deegan Née Clark, J. I., Dimmer, E. C., and Mungall, C. J. (2010). Formalizacja ograniczeń opartych na taksonach w celu wykrycia niespójności w anotacji i rozwoju ontologii. *BMC Bioinformatics 11, 530**
• Węższe taksony w OWL (post na blogu)
• Węższe taksony w Uberonie
• Taksonomia dla immunologów ICBO 2013

Listy mailingowe

• https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/obo-taxonomy
• http://groups.google.com/group/obo-taxonomy

Tracker

Zauważ, że różni się to od innych ontologii OBO tym, że jest to tłumaczenie bazy danych stworzonej poza OBO. If you wish tosuggest actual taxonomy changes to the database, contact NCBI.

The NCBI staff are very responsive and helpful, as this post from the Bgee team shows

If you wish to suggest changes to the translation then contact themaintainer or the mail list above.

Cytowanie ontologii NCBITaxon

Przed cytowaniem zadaj sobie pytanie, czym jest artefakt, który chcesz cytować:

• Baza danych taksonomii NCBI
• Renderowanie OBO/OWL bazy danych taksonomii NCBI

Ten ostatni jest dość trywialnym tłumaczeniem pierwszego. Jeśli w jakikolwiek sposób cytujesz zawartość, powinieneś zacytować bazę danych. Obecnie najbardziej aktualnym odniesieniem jest:

• Federhen, Scott. Baza danych taksonomii NCBI. Nucleic acids research 40.D1 (2012): D136-D143. http://nar.oxfordjournals.org/content/40/D1/D136.short

Jeśli chcesz konkretnie zacytować tłumaczenie OBO/OWL, użyj adresu URL tej strony

.