John Cotton, (ur. 4 grudnia 1585, Derby, Derbyshire, Eng.- zm. 23 grudnia 1652, Boston, Mass. ), wpływowy przywódca purytański w Nowej Anglii, który służył głównie jako „nauczyciel” Pierwszego Kościoła w Bostonie (1633-52) po ucieczce przed prześladowaniami nonkonformistów przez Kościół Anglii.
Wykształcony w Trinity College w Cambridge, Cotton został wikariuszem kościoła parafialnego St. Botolph’s w Bostonie, Lincolnshire, w 1612 roku i pozostał na tym stanowisku przez 21 lat. W tym czasie stopniowo stawał się coraz bardziej purytański w swoich poglądach i przestał przestrzegać pewnych anglikańskich rytuałów religijnych podczas wykonywania swoich obowiązków. W 1632 r. wszczęto przeciwko niemu postępowanie sądowe z powodu jego nonkonformizmu i w lipcu 1633 r. wyemigrował do kolonii Massachusetts Bay, gdzie został „nauczycielem” Pierwszego Kościoła w Bostonie i pozostał nim aż do śmierci. Jego popularność w kolonii była nieograniczona, a jego wpływ zarówno na sprawy cywilne, jak i kościelne był prawdopodobnie większy niż jakiegokolwiek innego pastora w teokratycznej Nowej Anglii.
Cotton napisał kilka dzieł, które stanowią nieocenioną ekspozycję kongregacjonalizmu Nowej Anglii, w tym The Way of the Churches of Christ in New England (1645) i The Way of Congregational Churches Cleared (1648). Napisany przez niego katechizm, Milk for Babes, Drawn out of the Breasts of Both Testaments (1646), był przez wiele lat powszechnie używany w Nowej Anglii do religijnego nauczania dzieci.