W 1938 roku Bayer wyemigrował do Stanów Zjednoczonych i zamieszkał w Nowym Jorku. W tym samym roku zaprojektował wystawę Bauhaus 1919-1928 w Nowym Jorku. 30 lat później według jego projektu powstała również wystawa 50 Jahre Bauhaus (50 lat Bauhausu) w Stuttgarcie. W USA działał głównie jako malarz, grafik reklamowy i projektant wystaw, pracował dla wielu firm i instytucji. W 1942 roku Bayer zaprojektował amerykańską wystawę propagandową Road to Victory w Museum of Modern Art w Nowym Jorku. W 1945 roku Irene Bayer rozwiodła się z nim. Od 1946 roku Bayer pracował jako konsultant ds. wzornictwa w Aspen Cultural Centre. Następnie w 1956 roku został dyrektorem działu wzornictwa w Container Corporation of America. W latach 1958-1961 był członkiem rady ds. sztuki przy biurze informacyjnym USA. W 1965 roku rozpoczął również pracę jako konsultant kreatywny dla wielu ważnych agencji reklamowych i domów towarowych.

Jego dorobek jest bardzo zróżnicowany, od grafiki i malarstwa po architekturę krajobrazu. Do jego wybitnych dzieł należą fotomontaż Selbstporträt (Autoportret) z 1932 r., reklama emulsji Adrianol z 1935 r., cykl Góry i zawijasy powstały w latach 1944-1953 oraz Marmurowy ogród z 1955 r.

.