Malcolm X szybko awansował w Nation of Islam, organizacji religijnej kierowanej przez Elijah Muhammada. Podróżował po kraju jako minister i rzecznik prasowy, zakładając nowe meczety i zajmując się niepokojami społecznymi z charakterystyczną dla siebie pasją i artykulacją, przyciągając rekordową liczbę nowych konwertytów. W tym okresie życia ożenił się z Betty X (dawniej Sanders) w Lansing, Mich. w 1958 r.
Pomimo, że jego przesłanie było postrzegane jako radykalne i podburzające, aktywnie popierał moralną, umysłową i duchową czystość jako środek do uwolnienia swojego ludu od ucisku.
Kiedy Malcolm X odkrył, że Elijah Muhammad potajemnie miał romanse z kobietami i spłodził kilkoro dzieci, rozczarował się do przywódcy Narodu Islamu.
Zdruzgotany hipokryzją Malcolm X opuścił NOI i w marcu 1964 r. założył własną organizację, Muslim Mosque, Inc. W tym samym roku odbył religijną pielgrzymkę do Mekki; podróż miała głęboki wpływ na aktywistę, skłaniając go do zmiany nazwiska na el-Hajj Malik el-Shabazz i ponownej oceny swoich przekonań.
W jednym z listów napisał: „Zapytali mnie, co w hadżdżu zrobiło na mnie największe wrażenie. … Odpowiedziałem, 'Braterstwo! Ludzie wszystkich ras, kolorów, z całego świata, którzy spotykają się razem jako jedno! To udowodniło mi moc Jedynego Boga. (…) Wszyscy jedli jak jeden, i spali jak jeden. Wszystko w atmosferze pielgrzymki akcentowało Jedność człowieka pod jednym Bogiem.”

.