Przed jego powstaniem wielu konserwatywnych kaznodziejów nazaretańskich miało poczucie, że ich wyznanie zmierza w kierunku liberalizmu (Kościół Nazarejczyków), a jednym z nich był ks. Glenn Griffith. Jesienią 1955 r. ks. Glenn Griffith zorganizował spotkanie namiotowe w Idaho. Po spotkaniu grupa zgromadzona na spotkaniu namiotowym poczuła się przekonana do utworzenia nowej denominacji, wzorowanej na ich macierzystym kościele, która miała nosić nazwę „Biblijna Unia Misyjna”. Glenn Griffith miał zostać ich Moderatorem Generalnym, a w nadchodzących miesiącach kilka kościołów nazaretańskich wycofało się, aby dołączyć do BMU. Dopiero rok później, w 1956 r., BMU zorganizuje konferencję generalną w Kolorado; na spotkaniu tym ks. Elbert Dodd i ks. Spencer Johnson dołączą do tej nowej denominacji; podczas konferencji zmienią nazwę denominacji na Biblijny Kościół Misyjny. Na konferencji w 1956 roku denominacja przegłosowała, że ks. Glenn Griffith i ks. Elbert Dodd będą moderatorami generalnymi Biblijnego Kościoła Misyjnego.
Pod koniec lat pięćdziesiątych Biblijny Kościół Misyjny zbudował swoją instytucję szkolącą świeckich i kaznodziejów w Rock Island, Illinois.
W 1958 roku ks. Glenn Griffith opuścił Biblijny Kościół Misyjny i kilka innych z powodu rozwodu, później utworzyli oni Wesleyan Holiness Association of Churches.
W 1987 r. kilka kościołów opuściło B.M.C. z powodu konfliktu interesów co do kierunku kościoła i można by to uznać za mroczny okres dla denominacji.
W 2003 r. kilka kościołów opuściło B.M.C. po Konferencji Generalnej z powodu konserwatywnego wykorzystania internetu i legalizmu, jednak w przeciwieństwie do podziału z 1987 r. kościoły, które odeszły, były o wiele bardziej zorganizowane w tej sprawie i utworzyły Pilgrim Nazarene Church. Co ciekawe, P.N.C. połączył się z Bible Methodist Connection of Churches w 2019 r., ale w 2008 r. kilka kościołów P.N.C. odeszło, aby utworzyć Wesleyan Nazarene Church z powodu tego, co uważały za liberalizm wkradający się do denominacji.
Najnowsza Konferencja Generalna odbyła się w 2019 r. z ks. Rodgerem Moyerem i ks. Johnem Kinnamanem jako moderatorami generalnymi.
Obecnie Kościół Misjonarzy Biblii jest jedną z największych denominacji Konserwatywnego Ruchu Świętości, jednak można by uznać, że jest najbardziej odizolowany. Uznają oni inne kościoły świętości, ale robią niewiele wspólnych nabożeństw. Nieoficjalnie uważa się, że jest częścią Międzykościelnej Konwencji Świętości, ale prawie nie uczestniczy w żadnej z konwencji.