Następujące zaburzenia mogą wyglądać podobnie do zespołu Maffucciego; jednak zazwyczaj można je odróżnić na podstawie badania klinicznego.

Choroba Olliera
Jest to rzadkie zaburzenie układu kostnego charakteryzujące się nieprawidłowym rozwojem kości i enchondromami, przy braku skórnych zmian naczyniowych, które charakteryzują zespół Maffucciego. Chociaż choroba Olliera jest obecna od urodzenia, może nie ujawniać się aż do wczesnego dzieciństwa, kiedy to pojawiają się deformacje szkieletowe lub nieprawidłowy wzrost kończyn. Choroba Olliera dotyka przede wszystkim kości długie i chrząstki stawów rąk i nóg, a konkretnie miejsca, w których stykają się trzon i głowa kości długiej (metafiza). Często dotyczy również miednicy, a rzadziej żeber, kości piersiowej (mostka) i czaszki. Choroba polega na wzroście enchondromów z chrząstki w kościach długich w taki sposób, że zewnętrzna warstwa (kość korowa) staje się cienka i krucha. Po okresie dojrzewania te chrzęstne narośla stabilizują się, ponieważ chrząstka jest zastępowana przez kość. Te enchondromy mogą ulegać złośliwej degeneracji, ale znacznie rzadziej niż w zespole Maffucciego.U wielu pacjentów stwierdza się mutacje somatyczne w genie dehydrogenazy izocytrynianowej, IDH1 lub IDH2. Zaburzenie to nie jest dziedziczone. (Aby uzyskać więcej informacji na temat tego zaburzenia, wybierz „Ollier” jako hasło wyszukiwania w Bazie Danych Chorób Rzadkich).

Zespół niebieskiego gumowego znamienia
Niebieskie zmiany naczyniowe w zespole Maffucciego mogą być mylone z tym rzadkim zaburzeniem naczyniowym, które charakteryzuje się licznymi, miękkimi, wyniosłymi, niebieskimi, niebiesko-czarnymi lub purpurowo-czerwonymi obrzękami (malformacjami żylnymi). Zmiany powstają na skórze i w narządach wewnętrznych, szczególnie w przewodzie pokarmowym. Zazwyczaj pojawiają się na dłoniach i podeszwach stóp, ale mogą również powstać w dowolnym miejscu na ciele, w tym na twarzy i tułowiu, a także w wątrobie, płucach, śledzionie, pęcherzyku żółciowym, nerkach i mięśniach szkieletowych. Te zmiany wewnętrzne mogą powodować poważne powikłania. Krwawienie z przewodu pokarmowego zwykle powoduje przewlekłą niedokrwistość, która może wymagać transfuzji krwi. Wiadomo, że przyczyną jest mutacja somatyczna w genie TIE 2 (TEK) (Aby uzyskać więcej informacji na temat tego zaburzenia, wybierz „Blue Rubber Bleb Nevus” jako hasło wyszukiwania w Rare Disease Database).

Zespół Proteusza
Ten niezwykle rzadki stan może być mylony z zespołem Maffucciego. Charakteryzuje się móżdżkowymi znamionami łącznotkankowymi („stopy mokasyna”), znamionami naskórkowymi, tłuszczakami oraz nieproporcjonalnym, nieustępliwym i asymetrycznym przerostem szkieletu. Pacjenci z Proteusem są w zasadzie normalni po urodzeniu, z wyjątkiem znamion. Mogą mieć również malformacje kapilarne i żylne. Powiększone żyły narażają ich na ryzyko wystąpienia zakrzepicy płucnej, która może być śmiertelna. Przyczyną choroby jest somatyczna mutacja aktywująca w genie AKT1 występująca w komórkach we wczesnym okresie embrionalnym. Zaburzenie to nie jest dziedziczne. (Aby uzyskać więcej informacji na temat tego zaburzenia, wybierz „Proteus” jako hasło wyszukiwania w Bazie Danych Chorób Rzadkich).

Podstawowa grupa pacjentów, u których początkowo zdiagnozowano zespół Proteusa, ma inne zaburzenie nadmiernego wzrostu CLOVES spowodowane mutacjami w genie PIK3CA. (Aby uzyskać więcej informacji na temat tego zaburzenia, wybierz „CLOVES” jako hasło wyszukiwania w Bazie Danych Chorób Rzadkich).