Balet Maryjski został założony w latach czterdziestych XVII wieku, po powstaniu pierwszej rosyjskiej szkoły tańca w 1738 roku.

Cesarska Szkoła Teatralna, jak ją pierwotnie nazywano, została założona 4 maja 1738 roku w Pałacu Zimowym w Petersburgu. Stała się ona poprzedniczką dzisiejszej Akademii Baletowej Vaganova. Założycielem szkoły był francuski baletmistrz i pedagog Jean-Baptiste Landé, a celem jej utworzenia było wyszkolenie młodych tancerzy, którzy mieli stworzyć pierwszy rosyjski zespół baletowy. Pierwsza grupa uczniów obejmowała dwunastu chłopców i dwanaście dziewcząt, którzy później poszli na utworzenie tego, co stałoby się poprzednikiem dzisiejszego Mariinsky Ballet.

Bardzo mało informacji istnieje od początkowych lat zespołu baletowego, jednak wiadomo, że zarówno szkoła, jak i zespół baletowy były połączone przez nazwę, stając się Imperial Ballet School i Imperial Russian Ballet, nazwy, które nadal były używane aż do zniesienia rządów cesarskich. Pod koniec 18 i na początku 19 wieku, Imperial Russian Ballet szybko wzrosła do rangi i będzie zatrudniać niektóre z najbardziej wpływowych i znanych nazwisk w historii baletu, w tym Charles Didelot, Marie Taglioni, Christian Johansson, Enrico Cecchetti, Jules Perrot, Fanny Cerrito i Carlotta Grisi.

Jako Imperial Russian Ballet, zespół jest najbardziej znany z premier licznych baletów znanego choreografa Mariusa Petipy. Stworzył wiele z jego najbardziej znanych dzieł podczas jego czasu jako baletmistrz i dyrektor firmy w połowie do końca 1800 roku. Wiele z jego baletów stanowi obecnie podstawę tradycyjnego repertuaru baletu klasycznego, wykonywanego przez zespoły baletowe na całym świecie i często zachowującego znaczną część choreografii Petipy. Do baletów tych należą oryginalne produkcje Dziadka do orzechów, Śpiącej królewny, Don Kichota, La Bayadère i Rajmondy, a także popularne wznowienia starszych baletów, w tym Coppélii, Giselle i Le Corsaire. Odrodzenie baletu Jezioro łabędzie przez Petipę jest prawdopodobnie jego najbardziej znanym dziełem dla zespołu. Pierwotna choreografia Juliusa Reisingera dla Teatru Bolszoj z 1877 roku sprawiła, że Jezioro łabędzie początkowo okazało się porażką zarówno krytyczną, jak i komercyjną. Petipa próbował wznowić balet z błogosławieństwem Piotra Iljicza Czajkowskiego, ale kompozytor zmarł, zanim powstał nowy balet. Petipa współpracował więc ze swoim bratem Modestem Czajkowskim, który znacznie zrewidował fabułę i przerobił libretto do wersji obecnie powszechnie wystawianej. Choreografię do spektaklu przygotowali Petipa i jego współpracownik Lew Iwanow. Wystawiona w Teatrze Maryjskim w 1895 roku produkcja Jeziora łabędziego Petipy, Iwanowa i Czajkowskiego odniosła ogromny sukces i jest obecnie uważana za najsłynniejszy balet wszech czasów. Prawie wszystkie późniejsze produkcje Jeziora łabędziego są oparte na tej 1895 produkcji.

Po rewolucji rosyjskiej, rząd radziecki zdecydował, że szkoła baletowa i firma były niechciane symbole reżimu carskiego i zamknął je zarówno. Zespół baletowy był pierwszym, który został ponownie ustanowiony, stając się znany jako Balet Radziecki, z ponownego otwarcia szkoły później jako Leningrad State Choreographic School, obie pozostały w ich poprzednich sites.

Po zabójstwie wybitnego sowieckiego rysunku Siergieja Kirowa w 1934 roku, Balet Radziecki został przemianowany na Balet Kirowa, nazwa, która jest nadal czasami błędnie używane. Po zakończeniu rządów komunistycznych, zespół baletowy i zespół operowy zostały przemianowane na teatr, stając się Baletem Maryjskim i Operą Maryjską. Oba zespoły są teraz prowadzone przez sam teatr.

Pomimo tych wszystkich zmian, dzisiejszy Balet Maryjski jest nadal związany ze szkołą, która jest teraz Vaganova Ballet Academy.