Nazwa „Óbidos” jest zlatynizowanym (oppidum, cytadela) pochodną starszego celtyckiego „Eburobricio”. Gmina miała swój wzrost z rzymskiej osady w pobliżu podnóża podwyższonej skarpy. Region Óbidos, rozciągający się od Atlantyku do wnętrza prowincji Estremadura wzdłuż rzek i jezior, był zamieszkany od późnego paleolitu. Osada została zbudowana przez wczesne plemiona Celtów, które później było centrum handlu dla Fenicjan. Archeologiczne dowody z podstawy średniowiecznej wieży (na południe od Facho) w Óbidos Castle wskazuje rzymskiej konstrukcji związane z placówką rzymskiej civitas z Eburobrittium, duży obszar miejski, który został wykopalisk. Badania archeologiczne określiły pozostałości forum, łaźni i innych struktur rzymskich w pobliżu osady.
Po upadku Rzymu, region znalazł się pod wpływem Wizygotów, choć brakuje konkretnych zapisów. Rzymskie miasto Eburobrittium zostało opuszczone w V wieku na rzecz bardziej bezpiecznego wzgórza, na którym dziś znajduje się główna osada. Jakiś czas po 713 roku Maurowie założyli fortyfikację na tej górze, podczas gdy chrześcijańska wspólnota Mozarabów żyła w sąsiedztwie Moncharro.
Obszar ten został przejęty od Maurów przez pierwszego króla Portugalii, Afonso Henriques, w 1148 roku. Tradycja głosi, że jeden z rycerzy, Gonçalo Mendes da Maia, był odpowiedzialny za udany szturm na mauretański zamek. Odzyskanie Óbidos było ostatnim etapem podboju regionu prowincji Estremadura, po zajęciu Santarém, Lizbony i Torres Vedras. Po opanowaniu regionu, osada otrzymała swój pierwszy foral (statut) w 1195 roku, za panowania króla Sancho I. W 1210 roku, król Afonso II nadał tytuł tej miejscowości królowej Urraca. Od tego czasu Óbidos było często patronowane przez królowe Portugalii, co dało początek jego nieformalnej nazwie Vila das Rainhas (angielski: miasto królowych); kilka królewskich konsorcjów wzbogaciło wioskę darowiznami od średniowiecza do 16 wieku.
Zamek i mury Óbidos zostały przebudowane za panowania króla Dinisa I. Wapienna i marmurowa struktura została wzmocniona i dopracowana, podczas gdy utrzymanie zostało stworzone w 14 wieku, przez króla Fernanda. Do czasu pierwszego projektu przebudowy, osada rozrosła się również poza bramy zamku.
Kościół Santa Maria w Óbidos był miejscem ślubu króla Alfonsa V z jego kuzynką, księżniczką Izabelą z Coimbry, 15 sierpnia 1441 r., kiedy oboje byli jeszcze dziećmi w wieku odpowiednio 9 i 10 lat. Reformy administracyjne przeprowadzone przez króla Manuela I w Óbidos w 1513 roku, w tym instytucji formalnej karty i głównych rekwalifikacji obszaru miejskiego.
Trzęsienie ziemi w 1755 roku spowodowało uszkodzenie murów wsi, kilka kościołów i wiele budynków, i spowodowało utratę architektury arabskiej lub średniowiecznej inspiracji. Podobnie, wojny półwyspowe były walczone w pobliżu Óbidos, w tym bitwy pod Roliça. Bardziej niedawno, wieś była centrum rządu i miejsce spotkań dla osób zaangażowanych w rewolucji goździków 1974, łącząc go z rewolucją ruchu sił zbrojnych.
.