Existem dois subgrupos de metaloproteinases:

• Exopeptidases, metalloexopeptidases (número CE: 3.4.17).
• Endopeptidases, metalloendopeptidases (3.4.24). As metalloendopeptidases bem conhecidas incluem proteínas ADAM e metaloproteinases de matriz, e metaloproteinases M16 como a Insulin Degrading Enzyme and Presequence Protease

Na base de dados MEROPS as famílias de peptidases são agrupadas pelo seu tipo catalítico, sendo o primeiro caracter que representa o tipo catalítico: A, aspártico; C, cisteína; G, ácido glutâmico; M, metallo; S, serina; T, treonina; e U, desconhecido. As peptidases serina, tronina e cisteína utilizam o aminoácido como nucleófilo e formam um intermediário acilo – estas peptidases também podem agir prontamente como transferases. No caso das aspárticas, glutâmicas e metallopeptidases, o nucleófilo é uma molécula de água activada. Em muitos casos, a dobra proteica estrutural que caracteriza o clã ou família pode ter perdido a sua actividade catalítica, mas manter a sua função no reconhecimento e ligação proteica.

Metaloproteases são os quatro principais tipos de proteases mais diversos, com mais de 50 famílias classificadas até à data. Nessas enzimas, um catião divalente, geralmente zinco, ativa a molécula da água. O íon metálico é mantido no lugar por ligandos de aminoácidos, geralmente em número de três. Os ligandos metálicos conhecidos são histidina, glutamato, aspartato ou lisina e pelo menos um outro resíduo é necessário para a catálise, que pode desempenhar um papel electrofílico. Das metaloproteases conhecidas, cerca de metade contém um motivo HEXXH, que foi demonstrado em estudos cristalográficos para fazer parte do local de ligação do metal. O motivo HEXXH é relativamente comum, mas pode ser definido com mais rigor para as metaloproteases como ‘abXHEbbHbc’, onde ‘a’ é mais frequentemente valina ou treonina e faz parte do subsite S1′ em termolysina e neprilysina, ‘b’ é um resíduo não carregado, e ‘c’ um resíduo hidrofóbico. A prolina nunca é encontrada neste local, possivelmente porque quebraria a estrutura helicoidal adotada por este motivo em metaloproteases.

Metallopeptidases da família M48 são proteínas de membrana integral associadas ao retículo endoplasmático e Golgi, ligando um íon de zinco por subunidade. Estas endopeptidases incluem CAAX prenil protease 1, que remove proteoliticamente os três resíduos terminais C das proteínas farnesiladas.

Inibidores da metaloproteinase são encontrados em numerosos organismos marinhos, incluindo peixes, cefalópodes, moluscos, algas e bactérias.

Os membros da família da metallopeptidase M50 incluem: proteína de ligação dos elementos reguladores de esterol de mamíferos (SREBP) local 2 protease e Escherichia coli protease EcfE, proteína de esporulação fase IV FB.