MODELLER é usado para homologia ou modelagem comparativa de estruturas protéico-tridimensionais (1,2). O usuário fornece um alinhamento da seqüência a ser modelada com estruturas relacionadas conhecidas e MODELLER calcula automaticamente um modelo contendo todos os átomos não-hidrogênicos. MODELLER implementa a modelagem comparativa da estrutura proteica pela satisfação de restrições espaciais (3,4), e pode realizar muitas tarefas adicionais, incluindo a modelagem de novos laços em estruturas proteicas, otimização de vários modelos de estrutura proteica com respeito a uma função objetiva flexivelmente definida, alinhamento múltiplo de seqüências e/ou estruturas proteicas, agrupamento, busca de bases de dados de seqüências, comparação de estruturas proteicas, etc. MODELLER está disponível para download para a maioria dos sistemas Unix/Linux, Windows e Mac.

Interfaces gráficaseverais para MODELLLER estão disponíveis comercialmente. Existem também outros recursos e pessoas usando interfaces gráficas ou web Modellerin ou outros frameworks.

1. B. Webb, A. Sali. Modelagem Comparativa de Estrutura de ProteínaUtilizando o Modelador. Current Protocols in Bioinformatics 54, John Wiley& Sons, Inc., 5.6.1-5.6.37, 2016.
2. M.A. Marti-Renom, A. Stuart, A. Fiser, R. Sánchez,F. Melo, A. Sali. Modelação comparativa da estrutura proteica de genes e genomas. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Estrutura. 29, 291-325, 2000.
3. A. Sali & T.L. Blundell.Modelação comparativa de proteínas por satisfação de restrições espaciais. J.Mol. Biol. 234, 779-815, 1993.
4. A. Fiser, R.K. Do, & A. Sali.Modeling of loops in protein structures, Protein Science 9. 1753-1773,2000.

O atual lançamento do Modeller é 10.1, que foi lançado em 18 de março de 2021. O Modeller é atualmente mantido porBen Webb.