as únicas ferramentas booleanas que eu já vim com uma cruz em uma suíte 3d está em Zbrush e Mudbox antes de quando a topologia realmente importa. em Max e Maya a operação sempre mastiga o fluxo de borda e o layout tornando difícil, se não impossível, de consertar. a melhor prática é evitá-la a menos que seja absolutamente necessária e mesmo assim você deve fazer o mínimo de trabalho possível em um objeto depois de aplicar um booleano. Ele vai criar artefatos de qualquer maneira; quanto mais complexos os objetos na operação booleana pior serão os problemas.
pelo menos em objetos tão simples a limpeza é ou deveria ser bastante simples mas mostra o quão fracas são as ferramentas que eles ainda criam n-gons depois de bem mais de uma década. existem ferramentas booleanas de terceiros na natureza mas elas realmente não são para o iniciante na maioria dos casos. alguns deles têm documentação ruim ou não traduzem de volta para geometria sem apagar completamente o histórico de construção após cada operação (para pegar entre estações de trabalho, por exemplo)
a melhor prática que encontrei ao tentar “boolean” formas é apenas usar operações de extrusão e estalar versos/edges onde eles precisam ir e depois deletar/concave-extrudar seus furos. Também, para algo como paredes é muito mais fácil de trabalhar em uma face do que um cubo ou qualquer coisa com volume, você só tem que extrudar toda a superfície para obter o volume de volta e não tem que repetir o processo na face traseira.