É desconhecido o que aconteceu.

Sabemos o que não aconteceu. Uma teoria popular dos fãs é que houve algum tipo de Cataclismo onde o Zero se soltou e matou toda a gente. Isso foi explicitamente anulado pelo próprio Keiji Inafune.

Wily está implícito ter sobrevivido através do Vírus Maverick e é definitivamente quem o criou e Zero. Há zero dúvidas sobre isso, pelo menos.

Se eu tivesse que adivinhar:Roll provavelmente acabou se desgastando mais tarde.

Blues/Protoman provavelmente morreu do seu desequilíbrio energético.

É provável que Megaman e Forte/Bass acabaram por se matar um ao outro.

A saúde da Luz estava obviamente a falhar nos flashbacks do Dia do Sigma, por isso é provável que ele simplesmente tenha morrido de causas naturais.

É fortemente sugerido, mas nunca confirmado, que o Wily carregou a sua mente para um computador.

Um destino alternativo para Megaman poderia ser este: Um dos Mestres de Robôs do Dr. Wily é Quint, uma versão reprogramada de Megaman Wily roubada de 34 anos para o futuro. Naquela época, a luta de Megaman tinha acabado e ele tinha tido suas partes de combate removidas, então Wily lhe deu novas numa tentativa de matar seu eu passado. Obviamente, Megaman derrotou-o, mas, e isto está a perder a memória, não tenho nada que sustente isto, tenho quase a certeza que Quint não foi realmente destruído.

Não tenho a certeza do que aconteceu lá.