Sobre o HMS LINCS Center
O Centro LINCS da Harvard Medical School (HMS) é financiado pelo NIH grant U54 HL127365 e faz parte do Programa NIH Library of Integrated Network-based Cellular Signatures (LINCS). Os objetivos gerais deste programa são coletar e disseminar dados e ferramentas analíticas necessárias para entender como as células humanas reagem à perturbação causada por drogas, pelo meio ambiente e pela mutação. Mais informações sobre o LINCS e outros Centros participantes estão disponíveis no site do programa.
O Centro HMS LINCS tem como objetivo descobrir os princípios fundamentais da resposta celular à perturbação, incluindo a relação entre dose e resposta, a origem e significância da variação de célula para célula, e a base molecular da sensibilidade e resistência a drogas. Os dados gerados no HMS incluem ensaios bioquímicos multiplex, proteômicos e de imagem para os quais os padrões de disseminação são mal desenvolvidos; melhorar estes e liberar todos os dados, algoritmos e conclusões de nossos cadernos e papéis é um objetivo chave do Centro. O Centro também desenvolve novos algoritmos para análise em larga escala de conjuntos de dados complexos de perturbação-resposta, que estão disponíveis através de páginas de resumo do projeto personalizadas. Normalmente publicamos pelo menos uma análise biológica de cada conjunto de dados, mas estes trabalhos descrevem apenas um dos muitos usos para os dados. Incentivamos os usuários a explorar os dados primários com base em suas próprias idéias e algoritmos.
Avaliações
Concentramo-nos em ensaios bioquímicos e baseados em células sobre (i) inibidores de quinase de pequenas moléculas, uma classe líder de agentes terapêuticos para o tratamento de câncer, doenças auto-imunes e outras doenças; (ii) modificadores de epigenoma, como inibidores de bromodomínio e HDAC; e (iii) ligandos naturais, como fatores de crescimento e citocinas inflamatórias. Em geral estamos traçando o perfil das respostas de ~100 linhas de células e tipos de células primárias a ~400 perturbações através da dose e tempo.
Acesso a dados, algoritmos e ferramentas
HMS LINCS fornece acesso público oportuno a todos os dados e softwares relevantes de acordo com a política de liberação de dados do programa NIH LINCS. O download simples e o acesso programático são ambos suportados.
Casos de exploração e uso de dados: As páginas de resumo e exploração das publicações do HMS LINCS fornecem descrições dos principais resultados, links para conjuntos de dados relevantes no banco de dados do HMS LINCS, e ferramentas de visualização de dados personalizadas. Estas e outras ferramentas estão disponíveis através da nossa página de software.
Acesso aos dados: Todos os conjuntos de dados e metadados de reagentes do HMS LINCS lançados publicamente são acessíveis através do banco de dados do HMS LINCS, onde funções de busca tornam possível a consulta de conjuntos de dados e reagentes específicos (por exemplo, por tipo de célula ou perturbágeno). Estas funções de pesquisa e download estão sendo ativamente melhoradas, e nós encorajamos os usuários a enviar feedback para lincs-feedback hms.harvard.edu.