Síndrome doIPEX desenvolve-se mais frequentemente durante os primeiros dias ou semanas de vida e afecta exclusivamente os rapazes. Manifesta-se classicamente com o aparecimento sequencial da tríade de enteropatia, doença auto-imune (particularmente diabetes mellitus tipo I) e envolvimento cutâneo, mas as características clínicas e a gravidade da doença podem variar consideravelmente entre indivíduos. A enteropatia auto-imune grave manifesta-se com diarreia secreta intratável que leva à má absorção, distúrbios electrolíticos e incapacidade de prosperar. Vômitos, íleo, gastrite ou colite também podem ser observados. Os pacientes também apresentam endocrinopatias auto-imunes, geralmente diabetes mellitus insulino-dependente (DM tipo 1) muitas vezes na infância ou no início da infância, mas também triidite levando ao hipotireoidismo ou hipertireoidismo. O envolvimento cutâneo consiste numa erupção pruriginosa generalizada que se assemelha ao eczema, psoríase e/ou dermatite atópica ou exfoliativa. Menos frequentemente pode ser observada alopecia ou onicodistrofia. Os doentes podem desenvolver citopenia auto-imune, trombocitopenia, anemia hemolítica e neutropenia. O envolvimento auto-imune também pode levar a pneumonite, hepatite, nefrite, miosite, esplenomegalia e/ou linfadenopatia. Podem ocorrer infecções locais ou sistémicas (por exemplo, pneumonia, infecções por Staphylococcus aureus, candidíase) mas parecem ser devidas à perda de pele e barreiras intestinais, terapias imunossupressoras e má nutrição, e não a uma imunodeficiência primária. Os achados neurológicos, incluindo neuropatia periférica, miopatia e hipotonia são descritos,