A cidade velha, Noto Antica, fica 8 quilómetros a norte, no Monte Alveria. Uma cidade de origem siciliana, era conhecida como Netum nos tempos antigos. Em 263 a.C., a cidade foi concedida a Hiero II pelos romanos. Segundo a lenda, Daedalus ficou na cidade depois do seu voo sobre o Mar Jónico, tal como Hércules depois da sua sétima tarefa. Durante a época romana, opôs-se ao magistrado Verres.
Em 866 foi conquistada pelos muçulmanos, que elevaram a cidade a capital de um dos três distritos da ilha (o Val di Noto). Em 1091, tornou-se o último reduto islâmico da Sicília a cair nas mãos dos cristãos. Mais tarde tornou-se uma rica cidade normanda.
Nos séculos XVI e XVII, a cidade foi o lar de várias figuras intelectuais notáveis, incluindo Giovanni Aurispa, os juristas Andrea Barbazio e Antonio Corsetto, bem como o arquitecto Matteo Carnelivari e o compositor Mario Capuana. Em 1503, o rei Fernando III concedeu-lhe o título de civitas ingeniosa (“Cidade Engenhosa”). Nos séculos seguintes, a cidade expandiu-se, crescendo além de seus limites medievais, e novos edifícios, igrejas e conventos foram construídos.
A cidade medieval de Noto foi praticamente arrasada pelo terremoto de 1693 siciliano. Diz-se que mais da metade da população morreu devido ao terramoto. Foi decidido reconstruir a cidade no local atual, na margem esquerda do rio Asinaro, mais perto da margem do Jônio. Estas circunstâncias levaram esta cidade a ter uma homogeneidade arquitectónica única, uma vez que o núcleo da cidade foi todo construído nas décadas seguintes, após a calamidade no que é um exemplo típico e altamente preservado do barroco siciliano. O traçado seguiu um sistema de grelha de Giovanni Battista Landolina e utilizou a encosta inclinada para efeitos cenográficos. Os arquitetos Rosario Gagliardi, Francesco Sortino e outros participaram, cada um, do projeto de múltiplas estruturas. A cidade foi apelidada de “Jardim de Pedra” por Cesare Brandi e está atualmente inscrita entre os Patrimônios da Humanidade da UNESCO. Muitas das estruturas mais recentes são construídas com uma pedra tufa macia, que assume uma tonalidade de mel sob a luz do sol. Partes da catedral, no entanto, desmoronaram inesperadamente em 1996.
A cidade, que tinha perdido o seu estatuto de capital provincial em 1817, rebelou-se contra a Casa de Bourbon a 16 de Maio de 1860, deixando as suas portas abertas a Giuseppe Garibaldi e à sua expedição. Cinco meses depois, a 21 de Outubro, um plebiscito selou a anexação de Noto ao Piemonte.
Em 1844, Noto foi nomeado Diocese, mas em 1866 sofreu a abolição das guildas religiosas, que estavam profundamente ligadas às estruturas e edifícios da cidade.