Em 1775 Biddle voltou à América do Norte para oferecer seus serviços ao Estado da Pensilvânia em oposição ao domínio britânico. Com o início da Guerra Revolucionária Americana, o Comitê de Segurança da Pensilvânia colocou Biddle no comando da galera armada Franklin. Em dezembro de 1775, Biddle foi comissionado para a Marinha Continental e nomeado capitão da prisão de 14 armas Andrew Doria.

Biddle participou da expedição contra New Providence, e lutou na ação da Marinha Continental com HMS Glasgow em 6 de abril de 1776. Biddle foi altamente crítico da ação, notando que a falta de sinalização do Comodoro Esek Hopkins levou a uma ação de “helter skelter”. Biddle mais tarde capturaria numerosos navios, incluindo transportes do exército britânico, em cruzeiros posteriores.

Biddle mais tarde participou de um cruzeiro dos Bancos da Terra Nova que teve tanto sucesso na tomada de navios, que quando Biddle retornou ao porto ele tinha apenas cinco marinheiros a bordo de seu navio; os demais estavam tripulando os prêmios tomados durante o cruzeiro.

Em 6 de junho de 1776, Biddle foi nomeado pelo Congresso Continental para comandar Randolph, uma fragata de 32 tiros então sendo construída na Filadélfia. Ela foi lançada perto do final do ano, e navegou no início de 1777. Em setembro de 1777, Biddle capturou o HMS True Briton e seu comboio de três navios.

Em 7 de março de 1778, ao largo de Barbados, Randolph engajou o navio britânico de 64 tiros da linha HMS Yarmouth. Em vez de tentar fugir do adversário mais fortemente armado, Randolph engajou-se em batalha para proteger um comboio mercante americano. Uma testemunha ocular relatou que a fragata se manteve no noivado de vinte minutos, aparecendo, “para disparar quatro ou cinco largas para a do Yarmouth”. Depois de Biddle ter sido ferido, Randolph explodiu de repente, matando todos menos quatro dos 305 a bordo, incluindo Biddle. A perda de Randolph foi um sério golpe para a novata Marinha Continental. O seu corpo foi perdido no mar e nunca se recuperou.

O seu irmão, Edward Biddle, foi um defensor ferrenho da independência americana, e o seu sobrinho, Nicholas Biddle, era um estimado banqueiro.

Quatro navios da Marinha dos Estados Unidos foram nomeados USS Biddle em sua homenagem.

O livro For Love of Country de Cyrus Townsend Brady é baseado em parte na vida de Nicholas Biddle.