Nerja tem uma longa história, evidenciada pelas pinturas primitivas encontradas nas suas famosas grutas de Nerja, descobertas em 1959. Acredita-se agora que estas cavernas são apenas uma entrada para uma série de poços que se estendem por muitos quilómetros nas montanhas entre Nerja e Granada, e que podem ainda revelar-se um dos mais extensos sistemas inexplorados da Europa. Os visitantes das grutas poderão ver os restos de um dos antigos habitantes de Nerja.
Os romanos construíram aqui três povoados, incluindo Detunda, dos quais podem agora ser vistos grandes restos. A área foi ocupada mais tarde pelos árabes no início do século VIII. Sob os mouros, a cidade era conhecida como Narixa, que significa “fonte abundante”, da qual deriva o nome actual.
Diz-se que os produtos agrícolas e de seda são famosos em todo o mundo muçulmano e nos mercados de Damasco já no século X.
O Balcón de Europa, um mirador ou miradouro que dá vistas deslumbrantes sobre o mar, fica no centro da cidade velha. Acredita-se popularmente que o seu nome tenha sido cunhado pelo Rei Afonso XII, que visitou a zona em 1885, após um terramoto desastroso e foi cativado pela cena. O folclore local diz que ele estava no local onde agora se encontra o Balcón, e disse: “Esta é a varanda da Europa”. Diz-se que os documentos do arquivo local mostram que seu nome era anterior a esta visita, mas isso não impediu que as autoridades colocassem uma estátua do rei em tamanho real (e muito fotografada) ao lado da grade.
A área do Balcón era originalmente conhecida como La Batería, uma referência à bateria de armas que lá existia em uma torre fortificada. Este local e uma torre similar nas proximidades foram destruídos durante a Guerra Peninsular. Em maio de 1812, os navios britânicos Hyacinth, Termagant e Basilisk apoiaram a guerrilha espanhola na costa de Granada, contra os franceses. Em 20 de maio, Termagant ou Jacinto abriu fogo e as fortalezas foram destruídas. Duas armas enferrujadas posicionadas no final do Balcón são lembranças destes tempos de violência. Os enormes pedaços de rocha, os restos de La Batería, visíveis no mar no final do Balcón, são mais uma prova desta acção.
