OntoBee AberOWL OLS NCBI

A ontologia NCBITaxon é uma tradução automática da base de dados da taxonomia NCBI para obo/owl.

A tradução trata cada táxon como uma classe obo/owl cujas instâncias (para a maioria dos ramos da ontologia) seriam organismos individuais. Por exemplo:

'Craig Venter' instance_of NCBITaxon_9606 (Homo sapiens)

A tradução reproduz fielmente todo o conteúdo da base de dados de origem, mesmo quando isso contraria as diretrizes da OBO. Por exemplo:

• A classe raiz é chamada ‘raiz’, em vez de algo como ‘organismo’
• Nomes pluridimensionais são usados (tanto nomes linhanos como nomes comuns). Por exemplo “mamíferos”
• O organismo de certas classes pode ser contestado – seja biologicamente (“vírus”) ou ontologicamente (“amostras ambientais”)
• Sinónimos podem incluir aspas como parte do texto

PURLs

Os purls para esta ontologia são:

• http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon.owl (purl oficial para ontologia)
• http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon.obo (versão em formato obo)

Os PURLs devem ser resolvidos em OntoBee. E.g.

• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_9606 (Homo sapiens)
• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_7711 (Chordates)
• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_7955 (Danio rerio)

Releases

Releases do obo/bowl acontecem quando o obo/owl é acionado manualmente. Actualmente isto deve ser feito por um administrador do OBO. Actualmente não existe um ciclo fixo, e isto geralmente é feito a pedido. As equipas que informalmente tratam disto são:

• James Overton, IEBD/OBO
• Frederic Bastian, BgeeDb/Uberon
• Chris Mungall, LBNL/GO/Monarch/Uberon/OBO
• Peter Midford, Phenoscape

Contacte a lista de correio (veja abaixo) para comentários sobre isto.

Extensões

O GO usa uma extensão do NCBITaxon para fins de agrupamento. Veja:

• http://purl.obolibrary.org/obo/go/extensions/go-taxon-groupings.owl

esta ontologia inclui novas classes no espaço de nomes do NCBITaxon_Union. Estas classes são todas definidas usando uniões – por exemplo Prokaryote = Eubacteria OR Archae

Taxon Constraints

Uma das principais utilizações para a ontologia NCBITaxon é definir restrições de taxon em uma ontologia multi-espécies. Para detalhes, veja:

• Waclaw Kusnierczyk (2008) Taxonomy-based partitioning of the Gene Ontology, Journal of Biomedical Informatics
• Deegan Née Clark, J. I., Dimmer, E. C., e Mungall, C. J. (2010). Formalização de restrições baseadas em taxon para detectar inconsistências na anotação e no desenvolvimento de ontologias. *BMC Bioinformática 11, 530**
• Condições de táxon no OWL (post do blog)
• Condições de táxon em Uberon
• Uma taxonomia para imunologistas ICBO 2013

Listas de discussão

• https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/obo-taxonomy
• http://groups.google.com/group/obo-taxonomy

Tracker

Nota que isto difere de outras ontologias da OBO na medida em que é atradução de uma base de dados produzida externamente à OBO. Se você deseja fazer alterações na taxonomia real da base de dados, entre em contato com a NCBI.

A equipe da NCBI é muito receptiva e útil, como mostra este post da equipe Bgee

Se você deseja sugerir alterações na tradução, entre em contato com o responsável ou com a lista de e-mails acima.

Citando a ontologia NCBITaxon

Antes de citar, pergunte-se qual o artefato que você deseja citar:

• A base de dados de taxonomia NCBI
• A renderização OBO/OWL da base de dados de taxonomia NCBI

A última é uma tradução bastante trivial da primeira. Se você está de alguma forma citando o conteúdo, então você deve citar a base de dados. Actualmente a referência mais actualizada é:

• Federhen, Scott. A base de dados de taxonomia do NCBI. Nucleic acids research 40.D1 (2012): D136-D143. http://nar.oxfordjournals.org/content/40/D1/D136.short

Se você deseja especificamente citar a tradução OBO/OWL, use a URL para esta página