Mr. Sub foi fundado em Toronto, Canadá, em 1968 por dois amigos, Jack Levinson, um contabilista, e Earl Linzon, um professor de ginástica, com um capital inicial de $1500. Os fundadores tinham como objectivo vender comida de qualidade; servi-la rapidamente; torná-la fresca; e acima de tudo, dar aos clientes valor pelo seu dinheiro.

O primeiro restaurante Mr. Sub, então chamado Mr. Submarine, abriu em 130 Yorkville Avenue, no rés-do-chão de uma casa de fila vitoriana convertida. Após uma resposta positiva, os dois fundadores abriram um segundo restaurante cinco meses depois.

Em 1972, o Sr. Submarine vendeu sua primeira franquia, e oficialmente tornou-se Sr. Sub em 1990.

Após meados dos anos 90, o Sr. Sub entrou em declínio, devido à introdução da franquia Submarine no Canadá. Houve especulações em 2005 de que Michael Bregman, o antigo dono da segunda cadeia de cafés, estava contemplando uma compra da cadeia. Outros nomes que surgiram como possíveis pretendentes incluíram Swiss Chalet parent Cara Operations e KFC operadora Priszm Canadian Income Fund. A cadeia de donuts Country Style esteve brevemente interessada no MR.SUB em 2005.

Em 18 de agosto de 2011, o MTY Food Group, que até então era proprietário da Country Style, anunciou que iria adquirir o Sr. Sub no final de outubro de 2011 por $23 milhões.

Mr. Sub era originalmente o único grande retalhista de franquias de sanduíches submarinas no Canadá, até a chegada de cadeias americanas como a Subway. Agora enfrenta forte concorrência de várias marcas de serviço rápido, sobrevivendo em pequenas cidades/mercado de campo, e locais de take-out regulares que sempre serviram o sanduíche.