O Ballet Mariinsky foi fundado na década de 1740, após a formação da primeira escola de dança russa em 1738.

A Escola de Teatro Imperial, como era originalmente conhecida, foi fundada a 4 de Maio de 1738, no Palácio de Inverno em São Petersburgo. Seria a antecessora da actual Academia de Ballet de Vaganova. O director fundador da escola era o mestre e professor de ballet francês Jean-Baptiste Landé e o objectivo da criação da escola era formar jovens bailarinos para formar a primeira companhia de ballet russa. O primeiro grupo de alunos incluía doze rapazes e doze raparigas, que mais tarde formaram o que viria a ser o antecessor do Ballet Mariinsky de hoje.

Muita pouca informação existe dos anos formativos da companhia de ballet, no entanto sabe-se que tanto a escola como a companhia de ballet estavam ligadas pelo nome, tornando-se a Imperial Ballet School e a Imperial Russian Ballet, nomes que continuaram a ser usados até à abolição do domínio Imperial. No final do século XVIII e início do XIX, o Ballet Imperial Russo logo ganhou destaque e empregaria alguns dos nomes mais influentes e famosos da história do ballet, incluindo Charles Didelot, Marie Taglioni, Christian Johansson, Enrico Cecchetti, Jules Perrot, Fanny Cerrito e Carlotta Grisi.

Como o Ballet Imperial Russo, a companhia é mais famosa por estrear numerosos ballets pelo renomado coreógrafo Marius Petipa. Ele criou muitos dos seus trabalhos mais famosos durante o seu tempo como mestre de ballet e diretor da companhia em meados do final do século XIX. Vários dos seus ballets formam agora a base do repertório tradicional do ballet clássico, interpretado por companhias de ballet de todo o mundo, e muitas vezes retendo grande parte da coreografia de Petipa. Estes ballets incluem as produções originais de The Nutcracker, The Sleeping Beauty, Don Quixote, La Bayadère e Raymonda; e reavivamentos populares de ballets mais antigos, incluindo Coppélia, Giselle e Le Corsaire. O reavivamento de Petipa do ballet Swan Lake é talvez seu trabalho mais famoso para a empresa. Originalmente coreografado por Julius Reisinger para o Teatro Bolshoi em 1877, o Lago dos Cisnes foi inicialmente um fracasso crítico e comercial. Petipa procurou reviver o balé com a bênção de Pyotr Ilyich Tchaikovsky, mas o compositor morreu antes da criação do novo balé. Petipa consequentemente trabalhou com seu irmão Modest Tchaikovsky, que reviu significativamente a história e reescreveu o libreto para a versão agora comumente executada. A produção foi coreografada por Petipa e seu colaborador Lev Ivanov. Estreando no Teatro Mariinsky em 1895, a produção Petipa/Ivanov/Tchaikovsky do Lago dos Cisnes foi um grande sucesso e é agora considerada o balé mais famoso de todos os tempos. Quase todas as produções subsequentes do Swan Lake são baseadas nesta produção de 1895.

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Na sequência da Revolução Russa, o governo soviético decidiu que a escola de ballet e a companhia eram símbolos indesejados do regime czarista e fechou os dois. A companhia de ballet foi a primeira a ser restabelecida, ficando conhecida como o Balé Soviético, com a escola reabrindo mais tarde como a Escola Coreográfica Estadual de Leningrado, permanecendo ambas em seus locais anteriores.

Após o assassinato da figura soviética proeminente Sergey Kirov em 1934, o Balé Soviético foi renomeado como o Balé Kirov, nome que ainda é usado às vezes incorretamente. Após o fim do domínio comunista, a companhia de ballet e ópera foi renomeada para o teatro, tornando-se o Mariinsky Ballet e a Ópera Mariinsky. Ambas as companhias são agora geridas pelo próprio teatro.

Apesar de todas estas mudanças, o Ballet Mariinsky de hoje continua ligado à escola, que é agora a Academia de Ballet de Vaganova.