Lerna foi ocupada na época Neolítica, já no quinto milênio a.C., então foi abandonada por um tempo antes da seqüência de ocupação da Idade do Bronze Primitivo (período Helládico através do Micenas). As técnicas de bate-papo no local com obsidiana e inertes importados atestam a continuidade cultural durante esse longo período de tempo, com a redução da oferta de obsidiana de Melos testemunhando a redução do comércio de longa distância no final do início do Terceiro Inferno Helládio, correspondente a Lerna IV.
Lerna tem um dos maiores tumulos pré-históricos da Grécia, acumulado durante uma longa ocupação neolítica; então seu cume foi nivelado e estendido – como na Eutrose e Orquômenos Celestes – em um novo assentamento: este estrato, chamado de Lerna III na estratigrafia do local, corresponde com o Helladic II Primitivo em outros locais. Lerna III carece de sinais de continuidade com a ocupação anterior; é o local de um palácio de dois andares ou centro administrativo que é referido como Casa das Telhas, para as telhas de terracota que embainhavam a sua cobertura (um exemplo precoce de cobertura de telhas). Este centro de energia fortemente fortificado data da cultura da Idade do Bronze Primitivo chamada Early Helladic, ca 2500 – 2200 a.C. Embora cinco estágios de ocupação em Lerna tenham sido identificados, o local da “Casa das Telhas”, após ter sido destruída pelo fogo, não foi reconstruído, seja por respeito ou medo, até que, no final do período Médio Helládico, sepulturas de poços foram cortadas no tumulo da Casa das Telhas, indicando que o significado daquele monumento tinha sido esquecido. Lerna foi usado como cemitério durante a era micénica, mas foi abandonado por volta de 1250 a.C..
Cerâmica de Lerna III inclui os recipientes de marca que os arqueólogos baptizam de “sauceboats”, com jantes que varrem para cima até uma bica curva, bem como taças com jantes incisivas, tanto de fundo plano como com bases anelares, e pires largos, por vezes com jantes vidradas, mais agradáveis para os lábios do bebedor. As jarras e a hidria têm curvas de inchaço. A decoração pintada é esparsa; padrões decorativos estampados de vedação em algumas peças, ou cilindros enrolados com escamas têm sido usados para fazer padrões em fita. Notavelmente, foram encontrados em Lerna, Tiryns e Zygouries padrões em fita feitos com o mesmo selo. A queima da Casa dos Ladrilhos encerrou decisivamente o Terceiro Período em Lerna; um baixo túmulo redondo marcou seu local sem perturbações, aparentemente sacrossanto.
Lerna IV (Helladic III) marcou um novo começo, não como sede fortificada da autoridade central desta vez, mas como uma pequena cidade, com casas de dois e três cômodos com paredes de tijolo cru assentes em fundações de pedra; vários tinham lareiras circulares centrais. Faixas estreitas separavam as casas. Uma grande profusão de fossas sem forro (Bothroi) era característica desta fase: acabaram por se encher de resíduos, ossos, caixotes, até vasos inteiros. A cerâmica, marcadamente descontínua com Lerna III, mostra uma série de novas formas, e os primeiros sinais – ranhuras regulares em espiral nas bases e linhas incisas paralelas – marcam o uso crescente da roda do oleiro. A decoração linear pintada em vidrado escuro no corpo pálido é característica de Lerna IV. Caskey identificou os primeiros exemplos da cerâmica que, nos contextos do Médio Helládio, seria reconhecida como cerâmica Minyan e, entre os poucos exemplos de cerâmica importada, um frasco alado característico de Tróia, talvez Tróia IV.
Lerna V é contínua com a fase anterior, distinguindo-se em grande parte pelos novos estilos em cerâmica com a introdução súbita e pacífica da cerâmica pintada a mate, a versão Argive, de espessura espessa, da cerâmica Minyan cinza, e um aumento vigoroso dos tipos de cerâmica importada, proveniente das Cyclades e Creta (Middle Minoan IA). Um novo costume de enterrar os mortos em escavações dentro das casas ou entre elas é universal no período.
Técnicas geológicas modernas como a perfuração do núcleo identificaram o local do desaparecido lago sagrado de Lerna, que era uma lagoa de água doce, separada por dunas de barreira do Egeu. Na Primeira Idade do Bronze, o Lago Lerna tinha um diâmetro estimado de 4,7 km. O desmatamento aumentou a taxa de depósitos de lodo e o lago tornou-se um pântano palúdico, dos quais os últimos remanescentes foram drenados no século XIX.