Non si sa cosa sia successo.

Sappiamo cosa non è successo. Una teoria popolare dei fan è che ci sia stato una sorta di cataclisma in cui Zero si è liberato e ha ucciso tutti. Questo è stato esplicitamente negato dallo stesso Keiji Inafune.

Wily è implicitamente sopravvissuto attraverso il Maverick Virus ed è sicuramente colui che ha creato questo e Zero. Non ci sono dubbi su questo, almeno.

Se dovessi indovinare: Roll probabilmente ha finito per consumarsi più tardi.

Blues/Protoman probabilmente è morto per il suo squilibrio energetico.

È probabile che Megaman e Forte/Bass alla fine si siano uccisi a vicenda.

La salute di Luce stava ovviamente cedendo nei flashback di Day of Sigma, quindi è probabile che sia semplicemente morto per cause naturali.

È fortemente suggerito, ma mai confermato, che Wily abbia caricato la sua mente in un computer.

Un destino alternativo per Megaman potrebbe essere questo: Uno dei Robot Master del Dr. Wily è Quint, una versione riprogrammata di Megaman che Wily ha rubato 34 anni nel futuro. A quel tempo, il combattimento di Megaman era finito e le sue parti da combattimento erano state rimosse, così Wily gliene diede di nuove nel tentativo di uccidere il suo sé passato. Ovviamente Megaman l’ha sconfitto, ma, e questo si basa sulla memoria, non ho nulla che lo confermi, sono abbastanza sicuro che Quint non sia stato effettivamente distrutto.