Dopo la riorganizzazione degli Stati, Shri Desai entrò nel Gabinetto dell’Unione come Ministro del Commercio e dell’Industria il 14 novembre 1956. Più tardi, prese il portafoglio delle Finanze il 22 marzo 1958.
Shri Desai tradusse in azione ciò che aveva professato in materia di pianificazione economica e amministrazione fiscale. Al fine di soddisfare le esigenze della difesa e dello sviluppo, ha raccolto grandi entrate, ha ridotto le spese inutili e ha promosso l’austerità nella spesa del governo per l’amministrazione. Ha mantenuto molto basso il finanziamento del deficit facendo rispettare la disciplina finanziaria. Mise dei limiti alla vita stravagante della sezione privilegiata della società.
Nel 1963, si dimise dal Gabinetto dell’Unione sotto il Piano Kamraj. Shri Lal Bahadur Shastri, che successe a Pt. Nehru come primo ministro, lo convinse a diventare presidente della Commissione per le riforme amministrative per ristrutturare il sistema amministrativo. La sua lunga e varia esperienza di vita pubblica gli fu di grande aiuto nel suo compito.
Nel 1967, Shri Desai entrò nel gabinetto di Smt. Indira Gandhi come vice primo ministro e ministro delle finanze. Nel luglio 1969, Smt. Gandhi gli tolse il portafoglio delle Finanze. Mentre Shri Desai ha ammesso che il Primo Ministro ha la prerogativa di cambiare i portafogli dei colleghi, ha sentito che il suo rispetto per se stesso era stato ferito poiché nemmeno la comune cortesia di consultarlo era stata mostrata da Smt. Egli, quindi, sentì di non avere altra alternativa che dimettersi da vice primo ministro dell’India.
Quando il partito del Congresso si scisse nel 1969, Shri Desai rimase con l’organizzazione del Congresso. Continuò a prendere una parte di primo piano nell’opposizione. Fu rieletto in Parlamento nel 1971. Nel 1975, fece un digiuno indefinito sulla questione delle elezioni dell’Assemblea del Gujarat che era stata sciolta. Come risultato del suo digiuno, le elezioni si tennero nel giugno 1975. Il Fronte Janata formato dai quattro partiti di opposizione e dagli indipendenti da esso sostenuti, si assicurò la maggioranza assoluta nella nuova Camera. Dopo la sentenza dell’Alta Corte di Allahabad che dichiarava nulla l’elezione di Smt. Gandhi al Lok Sabha, Shri Desai riteneva che, in linea con i principi democratici, Smt. Gandhi avrebbe dovuto presentare le sue dimissioni.
Shri Desai fu arrestato e detenuto il 26 giugno 1975, quando fu dichiarata l’emergenza. Fu tenuto in isolamento e fu rilasciato il 18 gennaio 1977, poco prima che fosse annunciata la decisione di tenere le elezioni per il Lok Sabha. Fece una vigorosa campagna in tutto il paese e fu in gran parte determinante per ottenere la vittoria del Janata Party nelle elezioni generali del marzo 1977 per il sesto Lok Sabha. Shri Desai è stato lui stesso selezionato per il Lok Sabha dalla circoscrizione di Surat nel Gujarat. In seguito fu eletto all’unanimità come leader del partito Janata in Parlamento e prestò giuramento come primo ministro dell’India il 24 marzo 1977.
Shri Desai e Gujraben si sposarono nel 1911. Dei loro cinque figli, sono sopravvissuti una figlia e un figlio.
Come primo ministro, Shri Desai era convinto che il popolo indiano dovesse essere aiutato a diventare impavido al punto che anche se il più alto del paese commette un errore, il più umile dovrebbe essere in grado di farglielo notare. “Nessuno, nemmeno il primo ministro”, è stato ripetutamente detto “dovrebbe essere al di sopra della legge del paese”.
Per lui, la verità era un articolo di fede e non una convenienza. Raramente ha permesso che i suoi principi fossero subordinati alle esigenze della situazione. Anche nelle circostanze più difficili, rimase fedele alle sue convinzioni. Come lui stesso ha osservato, “uno dovrebbe agire nella vita secondo la verità e la propria fede”.
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