Durante l’ultima metà del XVI secolo, un certo numero di daimyō divenne abbastanza forte da manipolare lo shogunato Ashikaga a proprio vantaggio o da rovesciarlo del tutto. Un tentativo di rovesciare il bakufu (il termine giapponese per lo shogunato) fu fatto nel 1560 da Imagawa Yoshimoto, la cui marcia verso la capitale ebbe una fine ignominiosa per mano di Oda Nobunaga nella battaglia di Okehazama. Nel 1562, il clan Tokugawa che era adiacente ad est del territorio di Nobunaga divenne indipendente dal clan Imagawa e si alleò con Nobunaga. La parte orientale del territorio di Nobunaga non fu invasa da questa alleanza. Nobunaga spostò quindi il suo esercito verso ovest. Nel 1565, un’alleanza dei clan Matsunaga e Miyoshi tentò un colpo di stato assassinando Ashikaga Yoshiteru, il 13° shōgun Ashikaga. I litigi interni, tuttavia, impedirono loro di agire rapidamente per legittimare la loro rivendicazione del potere, e fu solo nel 1568 che riuscirono ad installare il cugino di Yoshiteru, Ashikaga Yoshihide, come successivo shōgun. Il fallimento nell’entrare a Kyoto e nell’ottenere il riconoscimento della corte imperiale, tuttavia, aveva lasciato la successione in dubbio, e un gruppo di seguaci del bakufu guidati da Hosokawa Fujitaka negoziò con Nobunaga per ottenere il sostegno del fratello minore di Yoshiteru, Yoshiaki.
Nobunaga, che si era preparato per anni a questa opportunità stabilendo un’alleanza con il clan Azai nella provincia settentrionale di Ōmi e poi conquistando la vicina provincia di Mino, ora marciava verso Kyoto. Dopo aver sbaragliato il clan Rokkaku nel sud di Ōmi, Nobunaga costrinse i Matsunaga a capitolare e i Miyoshi a ritirarsi a Settsu. Entrò quindi nella capitale, dove ottenne con successo il riconoscimento da parte dell’imperatore per Yoshiaki, che divenne il 15° e ultimo shōgun Ashikaga.
Nobunaga non aveva però alcuna intenzione di servire il bakufu Muromachi, e invece ora rivolse la sua attenzione a stringere la sua presa sulla regione del Kinai. La resistenza sotto forma di daimyō rivali, monaci buddisti intransigenti e mercanti ostili fu eliminata rapidamente e senza pietà, e Nobunaga si guadagnò rapidamente la reputazione di avversario spietato e implacabile. A sostegno delle sue mosse politiche e militari, egli istituì una riforma economica, rimuovendo le barriere al commercio invalidando i tradizionali monopoli detenuti da santuari e corporazioni e promuovendo l’iniziativa con l’istituzione di liberi mercati noti come rakuichi-rakuza.
Anche il nuovo shōgun Ashikaga Yoshiaki appena insediato era estremamente diffidente del suo potente servitore nominale Nobunaga, e iniziò immediatamente a tramare contro di lui formando una vasta alleanza di quasi ogni daimyō adiacente al regno di Oda. Questo includeva lo stretto alleato e cognato di Oda, Azai Nagamasa, il potentissimo Takeda Shingen, così come i monaci guerrieri del centro monastico buddista Tendai del Monte Hiei vicino a Kyoto (che divenne la prima grande vittima di questa guerra, essendo stato completamente distrutto da Nobunaga).
Mentre l’esercito di Oda era impantanato da combattimenti in ogni angolo, Takeda Shingen guidò quello che era ormai considerato il più potente esercito del Giappone e marciò verso la base di Oda a Owari, schiacciando facilmente il giovane alleato di Nobunaga e futuro shōgun Tokugawa Ieyasu nella battaglia di Mikatagahara lungo la strada.
Tuttavia, mentre l’esercito Takeda era sul punto di annientare l’alleanza Oda-Tokugawa, Takeda Shingen improvvisamente perì, in circostanze misteriose. (Molteplici suggerimenti per la sua scomparsa includono la morte sul campo di battaglia da tiratore scelto, l’assassinio dei ninja e il cancro allo stomaco). Avendo improvvisamente perso il loro leader, l’esercito Takeda si ritirò rapidamente verso la loro base nella provincia di Kai e Nobunaga fu salvato dall’orlo della distruzione.
Con la morte di Takeda Shingen all’inizio del 1573, l'”Alleanza Anti-Oda” che Ashikaga Yoshiaki aveva creato si sgretolò rapidamente poiché Nobunaga in rapida successione distrusse l’alleanza del clan Asakura e del clan Azai che minacciava il suo fianco nord, e subito dopo espulse lo stesso shōgun da Kyoto.
Anche dopo la morte di Shingen, rimasero diversi daimyō abbastanza potenti da resistere a Nobunaga, ma nessuno era situato abbastanza vicino a Kyoto da costituire una minaccia politica, e sembrava che l’unificazione sotto la bandiera Oda fosse una questione di tempo.
I nemici di Nobunaga non erano solo altri daimyō ma anche gli aderenti a una setta di buddhismo Jōdo Shinshū che frequentava Ikkō-ikki, guidata da Kennyo. Egli resistette anche se Nobunaga continuò ad attaccare la sua fortezza per dieci anni. Nobunaga espulse Kennyo nell’undicesimo anno, ma, attraverso una rivolta causata da Kennyo, il territorio di Nobunaga subì la maggior parte dei danni. Questa lunga guerra fu chiamata guerra di Ishiyama Hongan-ji.
Nobunaga era molto interessato alle culture straniere, specialmente quelle dell’Europa occidentale. Una quantità significativa di cultura cristiana occidentale fu introdotta in Giappone dai missionari europei. Da questa esposizione, il Giappone ricevette nuovi cibi, un nuovo metodo di disegno, astronomia, geografia, scienza medica e nuove tecniche di stampa. La cosa più importante è che il commercio con l’Europa fornì agli eserciti di Nobunaga nuove armi, tra cui il fucile a canne mozze o archibugio.
Nobunaga decise di ridurre il potere dei monasteri buddisti e di dare protezione al cristianesimo, anche se non si convertì mai al cristianesimo. Massacrò molti sacerdoti buddisti che gli resistevano e bruciò i loro templi fortificati.
Le attività dei commercianti europei e dei missionari cattolici (Alessandro Valignano, Luís Fróis, Gnecchi-Soldo Organtino e molti missionari) in Giappone, non meno delle imprese giapponesi oltreoceano, diedero al periodo un sapore cosmopolita.
Durante il periodo dal 1576 al 1579, Nobunaga costruì, sulla riva del lago Biwa ad Azuchi, il castello di Azuchi, un magnifico castello di sette piani che doveva servire non solo come una fortificazione militare inespugnabile, ma anche come una sontuosa residenza che sarebbe stata un simbolo di unificazione.
Avendo assicurato la sua presa sulla regione del Kinai, Nobunaga era ora abbastanza potente da assegnare ai suoi generali il compito di soggiogare le province periferiche. A Shibata Katsuie fu dato il compito di conquistare il clan Uesugi in Etchū, Takigawa Kazumasu affrontò la provincia di Shinano che un figlio di Shingen Takeda Katsuyori governa, e a Hashiba Hideyoshi fu dato il formidabile compito di affrontare il clan Mōri nella regione Chūgoku dell’Honshū occidentale.
Nel 1575, Nobunaga ottenne una significativa vittoria sul clan Takeda nella battaglia di Nagashino. Nonostante la forte reputazione della cavalleria dei samurai Takeda, Oda Nobunaga abbracciò la tecnologia relativamente nuova dell’archibugio e inflisse una sconfitta schiacciante. L’eredità di questa battaglia costrinse a una revisione completa della guerra tradizionale giapponese.
Nel 1582, dopo una lunga campagna, Hideyoshi chiese l’aiuto di Nobunaga per vincere la tenace resistenza. Nobunaga, facendo una sosta a Kyoto sulla sua strada verso ovest con solo un piccolo contingente di guardie, fu attaccato da uno dei suoi stessi generali disaffezionati, Akechi Mitsuhide, e si suicidò.
Nel 1582 Hideyoshi chiese l’aiuto di Nobunaga per vincere la tenace resistenza.