Nel 1775 Biddle tornò in Nord America per offrire i suoi servizi allo Stato della Pennsylvania nell’opposizione al dominio britannico. Con lo scoppio della guerra rivoluzionaria americana, il Comitato di sicurezza della Pennsylvania mise Biddle al comando della galea armata Franklin. Nel dicembre 1775, Biddle fu commissionato nella Marina Continentale e nominato capitano del brigantino da 14 cannoni Andrew Doria.

Biddle partecipò alla spedizione contro New Providence, e combatté nell’azione della Marina Continentale con la HMS Glasgow il 6 aprile 1776. Biddle fu molto critico sull’azione, notando che la mancanza di segnalazione da parte del commodoro Esek Hopkins portò ad un’azione “helter skelter”. Biddle avrebbe poi catturato numerose navi, compresi i trasporti dell’esercito britannico, nelle crociere successive.

Biddle partecipò in seguito ad una crociera dei Banchi di Terranova che ebbe un tale successo nella presa di navi, che quando Biddle tornò in porto aveva solo cinque marinai rimasti a bordo della sua nave; il resto erano equipaggi dei premi presi durante la crociera.

Il 6 giugno 1776, Biddle fu nominato dal Congresso Continentale al comando della Randolph, una fregata da 32 cannoni allora in costruzione a Philadelphia. Fu varata verso la fine dell’anno e salpò all’inizio del 1777. Nel settembre 1777, Biddle catturò la HMS True Briton e il suo convoglio di tre navi.

Il 7 marzo 1778, al largo delle Barbados, la Randolph ingaggiò la nave di linea inglese da 64 cannoni HMS Yarmouth. Piuttosto che cercare di fuggire dall’avversario più pesantemente armato, Randolph si impegnò in battaglia per proteggere un convoglio mercantile americano. Un testimone oculare riferì che la fregata tenne duro nei venti minuti di combattimento, sembrando “sparare quattro o cinque bordate contro una sola della Yarmouth”. Dopo che Biddle fu ferito, la Randolph esplose improvvisamente, uccidendo tutti i 305 a bordo tranne quattro, compreso Biddle. La perdita di Randolph fu un duro colpo per la neonata Marina Continentale.