OntoBee AberOWL OLS NCBI

L’ontologia NCBITaxon è una traduzione automatica del database della tassonomia NCBI in obo/owl.

La traduzione tratta ogni taxon come una classe obo/owl le cui istanze (per la maggior parte dei rami dell’ontologia) sarebbero organismi individuali. Per esempio:

'Craig Venter' instance_of NCBITaxon_9606 (Homo sapiens)

La traduzione riproduce fedelmente tutto il contenuto del database di origine, anche quando ciò contravviene alle linee guida OBO. Per esempio:

• La classe radice è chiamata ‘root’, piuttosto che qualcosa come ‘organism’
• Sono usati nomi plurali (sia nomi linnaici che comuni). Per esempio. “mammiferi”
• L’organicità di alcune classi potrebbe essere contestata – sia biologicamente (“virus”) che ontologicamente (“campioni ambientali”)
• I sinonimi possono includere le virgolette come parte del testo

PURLs

I purls per questa ontologia sono:

• http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon.owl (purl ufficiale per l’ontologia)
• http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon.obo (versione in formato obo)

Le PURL dovrebbero essere risolvibili in OntoBee. E.g.

• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_9606 (Homo sapiens)
• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_7711 (Chordates)
• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_7955 (Danio rerio)

Releases

Il rilascio degli obo/owl avviene quando il Continuous IntegrationJob è attivato manualmente. Attualmente questo deve essere fatto da un amministratore di OBO. Attualmente non c’è un ciclo fisso, e questo è generalmente fatto su richiesta. Il team che gestisce informalmente questo sono:

• James Overton, IEBD/OBO
• Frederic Bastian, BgeeDb/Uberon
• Chris Mungall, LBNL/GO/Monarch/Uberon/OBO
• Peter Midford, Phenoscape

Contattare la mail list (vedi sotto) per commenti su questo.

Estensioni

Il GO usa un’estensione di NCBITaxon per il raggruppamento. Vedi:

• http://purl.obolibrary.org/obo/go/extensions/go-taxon-groupings.owl

questa ontologia include nuove classi nello spazio dei nomi NCBITaxon_Union. Queste classi sono tutte definite usando le unioni – per esempio Prokaryote = Eubacteria OR Archae

Taxon Constraints

Uno degli usi principali dell’ontologia NCBITaxon è quello di definire i vincoli di taxon in un’ontologia multispecie. Per i dettagli, vedere:

• Waclaw Kusnierczyk (2008) Taxonomy-based partitioning of the Gene Ontology, Journal of Biomedical Informatics
• Deegan Née Clark, J. I., Dimmer, E. C., and Mungall, C. J. (2010). Formalizzazione dei vincoli basati sul taxon per rilevare le incongruenze nell’annotazione e nello sviluppo dell’ontologia. *BMC Bioinformatics 11, 530**
• Vincoli taxon in OWL (blog post)
• Costrizioni taxon in Uberon
• Una tassonomia per gli immunologi ICBO 2013

Liste di posta elettronica

• https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/obo-taxonomy
• http://groups.google.com/group/obo-taxonomy

Tracker

Nota che questa differisce dalle altre ontologie OBO in quanto è una traduzione di un database prodotto esternamente a OBO. Se volete suggerire modifiche effettive alla tassonomia del database, contattate l’NCBI.

Lo staff dell’NCBI è molto reattivo e disponibile, come mostra questo post del team Bgee

Se volete suggerire modifiche alla traduzione, contattate il maintainer o la mail list di cui sopra.

Citare l’ontologia NCBITaxon

Prima di citare, chiediti quale sia l’artefatto che vuoi citare:

• Il database della tassonomia NCBI
• Il rendering OBO/OWL del database della tassonomia NCBI

Questo è una traduzione abbastanza banale del primo. Se stai in qualche modo citando il contenuto, allora dovresti citare il database. Attualmente il riferimento più aggiornato è:

• Federhen, Scott. Il database della tassonomia NCBI. Nucleic acids research 40.D1 (2012): D136-D143. http://nar.oxfordjournals.org/content/40/D1/D136.short

Se si desidera citare specificamente la traduzione OBO/OWL, utilizzare l’URL di questa pagina