Nanoscale Molecular Dynamics (NAMD, precedentemente Not Another Molecular Dynamics Program) è un software per computer per la simulazione della dinamica molecolare, scritto usando il modello di programmazione parallela Charm++. È noto per la sua efficienza parallela ed è spesso usato per simulare grandi sistemi (milioni di atomi). È stato sviluppato dalla collaborazione del Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB) e del Parallel Programming Laboratory (PPL) alla University of Illinois at Urbana-Champaign.
University of Illinois at Urbana-Champaign: Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB), Parallel Programming Laboratory (PPL)
1995; 26 anni fa
C++
Cross-platform: Windows, Linux, macOS, Unix
x86, x86-64
Inglese
Simulazione dinamica molecolare
Proprietario, freeware per uso non commerciale
www.ks.uiuc.edu/Research/namd
E’ stato introdotto nel 1995 da Nelson et al. come un codice di dinamica molecolare parallelo che permette la simulazione interattiva collegandosi al codice di visualizzazione VMD. Da allora NAMD è maturato, aggiungendo molte caratteristiche e scalando oltre 500.000 core di processore.
NAMD ha un’interfaccia per i pacchetti di chimica quantistica ORCA e MOPAC, così come un’interfaccia scriptata per molti altri pacchetti quantistici. Insieme a Visual Molecular Dynamics (VMD) e QwikMD, l’interfaccia di NAMD fornisce l’accesso a simulazioni ibride QM/MM in una suite integrata, completa, personalizzabile e facile da usare.
NAMD è disponibile come freeware per uso non commerciale da parte di individui, istituzioni accademiche e corporazioni per usi aziendali interni.