Mr. Sub fu fondato a Toronto, Canada, nel 1968 da due amici, Jack Levinson, un impiegato contabile, e Earl Linzon, un insegnante di ginnastica, con un capitale iniziale di 1500 dollari. I fondatori miravano a vendere cibo di qualità, a servirlo velocemente, a renderlo fresco e, soprattutto, a dare ai clienti un buon rapporto qualità-prezzo.
Il primo ristorante Mr. Sub, allora chiamato Mr.Submarine, aprì al 130 Yorkville Avenue, al piano terra di una casa a schiera vittoriana convertita. Dopo una risposta positiva, i due fondatori aprirono un secondo ristorante cinque mesi dopo.
Nel 1972, Mr. Submarine vendette il suo primo franchising, e divenne ufficialmente Mr. Sub nel 1990.
Dopo la metà degli anni 90 Mr. Sub andò in declino, a causa dell’introduzione del franchising Subway in Canada. Ci sono state speculazioni nel 2005 che Michael Bregman, l’ex proprietario della catena di caffè Second Cup, stava contemplando un acquisto della catena. Altri nomi che sono stati proposti come possibili pretendenti hanno incluso la società madre Cara Operations della Swiss Chalet e l’operatore KFC Priszm Canadian Income Fund. La catena di ciambelle Country Style è stata brevemente interessata a MR.SUB nel 2005.
Il 18 agosto 2011, MTY Food Group, che ormai possedeva Country Style, ha annunciato che avrebbe acquisito Mr. Sub alla fine di ottobre 2011 per 23 milioni di dollari.
Mr. Sub era originariamente l’unico grande rivenditore in franchising di panini sottomarini in Canada, fino all’arrivo delle catene americane come Subway. Ora deve affrontare la dura concorrenza di diversi marchi di servizi rapidi, che sopravvivono nelle piccole città/mercati di campagna, e i normali posti da asporto che hanno sempre servito il panino.
Sub.