Nato come Marpa Chökyi Lodrö, a Lhodrak Chukhyer nella parte meridionale del Tibet, da una famiglia benestante, iniziò a studiare in giovane età ma era selvaggio e indomito rispetto agli altri bambini. Marpa ricevette prima l’istruzione per tre anni a Mangkhar con Drokmi Shakya Yeshe e padroneggiò il sanscrito. Decise di viaggiare in India per studiare con rinomati maestri buddisti indiani. Il suo primo viaggio in Nepal e in India fu in compagnia di Nyo Lōtsawa, che frequentò come servitore. Marpa tornò a casa a Lhodrak e convertì la sua intera eredità in oro per finanziare le sue spese di viaggio e per fare offerte ai maestri.
Marpa viaggiò prima in Nepal dove studiò con Paindapa e Chitherpa, due famosi studenti di Naropa. Paindapa accompagnò poi Marpa a Pullahari, vicino all’università di Nalanda, dove Naropa insegnava. Marpa trascorse dodici anni studiando con Naropa e con altri grandi guru indiani, tra cui in particolare Maitripada. Dopo dodici anni si mise in viaggio per tornare in Tibet per insegnare e continuare le sue attività di dharma.
Marpa avrebbe viaggiato in India altre due volte e in Nepal altre tre volte e avrebbe studiato con Naropa e altri grandi maestri tra cui Maitripa. Si dice che abbia soggiornato nella grotta del monastero di Phugtal. Nella sua terza visita in India, Naropa, che era impegnato in pratiche tantriche, si dimostrò difficile da trovare. Comunque alla fine Marpa lo trovò e ricevette gli ultimi insegnamenti e istruzioni da Naropa. Fu allora che Naropa profetizzò che un lignaggio familiare non sarebbe continuato per Marpa, ma che il suo lignaggio sarebbe stato portato avanti dai suoi discepoli. Marpa ora aveva ricevuto la trasmissione completa, così Naropa dichiarò formalmente che Marpa era il suo successore anche se aveva altri discepoli importanti tra cui Paindapa, Chitherpa, Shri Shantibhadra o Kukuripa, e Maitripa.
Al suo ritorno in Tibet, Marpa passò molti anni a tradurre le scritture buddhiste e diede un contributo importante alla trasmissione del buddhadharma completo in Tibet. Marpa continuò a praticare e a dare insegnamenti e trasmissioni a molti studenti in Tibet. Dopo la sua seconda visita in India Milarepa divenne suo discepolo. Dopo la morte del figlio di Marpa, Darma Dode, Milarepa ereditò completamente il suo lignaggio. Marpa visse con sua moglie Dakmema e i loro figli a Lhodrak, nella parte meridionale del Tibet. Si dice che Marpa abbia fondato il monastero di Stongdey nello Zanskar nel 1052 d.C.
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