Gli scavi nel sito furono iniziati sotto John L. Caskey nel 1952, i cui sforzi iniziarono la serie di pubblicazioni di Lerna dell’età del bronzo, Lerna I-V, ispirando molte altre pubblicazioni.
Lerna fu occupata in epoca neolitica, già nel quinto millennio a.C., poi fu abbandonata per un certo periodo prima della sequenza di occupazione della prima età del bronzo (periodo elladico attraverso il miceneo). Le tecniche di scheggiatura in loco con l’ossidiana e il cererto importati attestano la continuità culturale in questo lungo periodo di tempo, con la riduzione della fornitura di ossidiana da Melos che testimonia la riduzione del commercio a lunga distanza alla fine del primo elladico III, corrispondente a Lerna IV.
Lerna ha uno dei più grandi tumuli preistorici della Grecia, accumulato durante una lunga occupazione neolitica; poi la sua cresta fu livellata ed estesa – come a Eutresis e Orcomeno del primo elladico – in un nuovo insediamento: questo strato, chiamato Lerna III nella stratigrafia del sito, corrisponde al primo elladico II in altri siti. Lerna III manca di segni di continuità con l’occupazione precedente; è il sito di un palazzo a due piani o centro amministrativo che è indicato come Casa delle Tegole, per le tegole di terracotta che rivestivano il suo tetto (un primo esempio di copertura in tegole). Questo centro di potere fortemente fortificato risale alla cultura della prima età del bronzo chiamata Early Helladic, circa 2500 – 2200 BCE. Anche se sono state identificate cinque fasi di occupazione a Lerna, il sito della “Casa delle tegole”, dopo essere stato distrutto da un incendio, non è stato ricostruito, sia per rispetto che per paura, fino a quando, alla fine del periodo medio elladico, tombe a pozzo sono state tagliate nel tumulo della Casa delle tegole, indicando che il significato di quel monumento era stato dimenticato. Lerna fu usata come cimitero durante l’età micenea, ma fu abbandonata intorno al 1250 a.C.
La ceramica di Lerna III include i vasi con beccuccio che gli archeologi chiamano “salsiere”, con i bordi che si estendono verso l’alto in un beccuccio curvo, così come ciotole con bordi incurvati, sia a fondo piatto che con basi ad anello, e piattini larghi, talvolta con bordi smaltati, più piacevoli per le labbra di chi beve. Le giare e l’idria hanno curve gonfie. La decorazione dipinta è scarsa; la sigillatura stampata forma motivi decorativi su alcuni pezzi, o cilindri arrotolati e incisi sono stati usati per fare motivi a bande. È interessante notare che motivi a bande fatti con lo stesso sigillo sono stati trovati a Lerna, Tirinto e Zygouries. L’incendio della Casa delle Piastrelle portò il Terzo Periodo a Lerna a una fine decisiva; un basso tumulo rotondo segnò il suo sito indisturbato, apparentemente sacrosanto.
Lerna IV (primo elladico III) segnò un nuovo inizio, non come sede fortificata dell’autorità centrale questa volta, ma come una piccola città, con case di due e tre stanze con muri di mattoni grezzi posti su fondamenta di pietra; molte avevano focolari centrali circolari. Stretti vicoli separano le case. Una grande profusione di fosse senza rivestimento (bothroi) era caratteristica di questa fase: alla fine si riempirono di rifiuti, ossa, cocci, persino vasi interi. La ceramica, marcatamente discontinua con Lerna III, mostra una gamma di nuove forme e i primi segni – scanalature regolari a spirale nelle basi e linee parallele incise – che segnano l’uso crescente del tornio da vasaio. La decorazione lineare dipinta in smalto scuro sul corpo chiaro è caratteristica di Lerna IV. Caskey ha identificato i primi esempi della ceramica che in contesti medio elladici sarebbe stata riconosciuta come Minyan ware, e, tra i pochi esempi di ceramica importata, una giara alata caratteristica di Troia, forse Troia IV.
Lerna V è continua con la fase precedente, distinta in gran parte da nuovi stili in ceramica con l’improvvisa, pacifica introduzione di ceramica dipinta opaca, la versione argiva spessa della ceramica grigia Minyan, e un vigoroso aumento dei tipi di ceramica importata, proveniente dalle Cicladi e da Creta (IA medio minoica). Una nuova usanza di seppellire i morti in scavi all’interno delle case o tra di esse è universale in questo periodo.
Tecniche geologiche moderne come i carotaggi hanno identificato il sito dello scomparso lago sacro di Lerna, che era una laguna d’acqua dolce, separata da dune di barriera dal Mar Egeo. Nella prima età del bronzo il lago di Lerna aveva un diametro stimato di 4,7 km. La deforestazione aumentò il tasso di depositi di limo e il lago divenne una palude malarica, di cui gli ultimi resti furono drenati nel XIX secolo.