MODELLER è usato per la modellazione omologica o comparativa di strutture proteiche tridimensionali (1,2). MODELLER implementa la modellazione comparativa della struttura proteica soddisfacendo i vincoli spaziali (3,4), e può eseguire molti compiti aggiuntivi, tra cui la modellazione de novo di loop in strutture proteiche, l’ottimizzazione di vari modelli di struttura proteica rispetto a una funzione obiettivo definita in modo flessibile, l’allineamento multiplo di sequenze e/o strutture proteiche, il clustering, la ricerca di database di sequenze, il confronto di strutture proteiche, ecc. MODELLER è disponibile per il download per la maggior parte dei sistemi Unix/Linux, Windows e Mac.

Sono disponibili in commercio diverse interfacce grafiche per MODELLER. Ci sono anche molte altre risorse e persone che usano Modeller in interfacce grafiche o web o altri framework.

1. B. Webb, A. Sali. Modellazione comparativa della struttura delle proteine con Modeller. Current Protocols in Bioinformatics 54, John Wiley& Sons, Inc., 5.6.1-5.6.37, 2016.
2. M.A. Marti-Renom, A. Stuart, A. Fiser, R. Sánchez,F. Melo, A. Sali. Modellazione comparativa della struttura proteica di geni e genomi.Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 29, 291-325, 2000.
3. A. Sali & T.L. Blundell.Comparative protein modelling by satisfaction of spatial restraints. J.Mol. Biol. 234, 779-815, 1993.
4. A. Fiser, R.K. Do, & A. Sali.Modeling of loops in protein structures, Protein Science 9. 1753-1773,2000.

L’attuale versione di Modeller è la 10.1, che è stata rilasciata il 18 marzo 2021. Modeller è attualmente mantenuto da Ben Webb.