Sul Centro LINCS dell’HMS
L’Harvard Medical School (HMS) LINCS Center è finanziato dal NIH grant U54 HL127365 e fa parte del NIH Library of Integrated Network-based Cellular Signatures (LINCS) Program. Gli obiettivi generali di questo programma sono di raccogliere e diffondere i dati e gli strumenti analitici necessari per capire come le cellule umane rispondono alle perturbazioni dei farmaci, dell’ambiente e delle mutazioni. Ulteriori informazioni su LINCS e sugli altri centri partecipanti sono disponibili sul sito web del programma.
Il centro LINCS dell’HMS mira a scoprire i principi fondamentali della risposta cellulare alla perturbazione, compresa la relazione tra dose e risposta, l’origine e il significato della variazione da cellula a cellula e la base molecolare della sensibilità e della resistenza ai farmaci. I dati generati all’HMS includono saggi multipli biochimici, proteomici e di imaging per i quali gli standard di diffusione sono poco sviluppati; migliorare questi e liberare tutti i dati, gli algoritmi e le conclusioni dai nostri quaderni e documenti è un obiettivo chiave del centro. Il centro sviluppa anche nuovi algoritmi per l’analisi su larga scala di dataset complessi di perturbazione-risposta, che sono disponibili attraverso pagine di riepilogo del progetto personalizzate. In genere pubblichiamo almeno un’analisi biologica di ogni set di dati, ma questi articoli descrivono solo uno dei molti usi dei dati. Incoraggiamo gli utenti a esplorare i dati primari in base alle loro idee e algoritmi.
Saggi
Ci concentriamo su saggi biochimici e cellulari su (i) inibitori di piccole molecole di chinasi, una classe leader di agenti terapeutici per il trattamento del cancro, malattie autoimmuni e altre malattie; (ii) modificatori dell’epigenoma come inibitori di bromodomain e HDAC; e (iii) ligandi naturali come fattori di crescita e citochine infiammatorie. Nel complesso stiamo profilando le risposte di ~100 linee cellulari e tipi di cellule primarie a ~400 perturbatori attraverso la dose e il tempo.
Accesso a dati, algoritmi e strumenti
HMS LINCS fornisce un accesso pubblico tempestivo a tutti i dati e software rilevanti in conformità con la politica di rilascio dati del programma LINCS di NIH. Sono supportati sia il semplice download che l’accesso programmatico.
Esplorazione dei dati e casi d’uso: Le pagine di riepilogo e di esplorazione per le pubblicazioni HMS LINCS forniscono descrizioni dei risultati principali, collegamenti ai set di dati pertinenti nel database HMS LINCS e strumenti di visualizzazione dei dati personalizzati. Questi e altri strumenti sono disponibili tramite la nostra pagina software.
Accesso ai dati: Tutti gli insiemi di dati e i metadati dei reagenti HMS LINCS rilasciati pubblicamente sono accessibili attraverso l’HMS LINCS Database, dove le funzioni di ricerca rendono possibile la ricerca di specifici insiemi di dati e reagenti (ad esempio per tipo di cellule o perturbagen). Queste funzioni di ricerca e download vengono attivamente migliorate, e incoraggiamo gli utenti a inviare feedback a lincs-feedback hms.harvard.edu.
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