Il nome “Óbidos” è una latinizzazione (oppidum, cittadella) derivato dal più antico celtico “Eburobricio”. Il comune è nato da un insediamento romano ai piedi di una scarpata elevata. La regione di Óbidos, che si estende dall’Atlantico all’interno della provincia di Estremadura lungo i fiumi e i laghi, è stata abitata fin dal tardo Paleolitico. Un insediamento fu costruito dalle prime tribù celtiche, che fu poi un centro di commercio per i Fenici. Prove archeologiche dalla base della torre medievale (a sud di Facho) del castello di Óbidos indicano una costruzione romana legata a un avamposto della civitas romana di Eburobrittium, una grande area urbana che è stata oggetto di scavi. Le indagini archeologiche hanno determinato i resti di un foro, delle terme e di altre strutture romane vicino all’insediamento.
Dopo la caduta di Roma, la regione passò sotto l’influenza dei Visigoti, anche se mancano documenti specifici. La città romana di Eburobrittium fu abbandonata nel V secolo per una collina più sicura dove oggi si trova l’insediamento principale. Dopo il 713 i Mori stabilirono una fortificazione su questa montagna, mentre una comunità cristiana di Mozarab viveva nel quartiere di Moncharro.
La zona fu strappata ai Mori dal primo re del Portogallo, Afonso Henriques, nel 1148. La tradizione afferma che un cavaliere, Gonçalo Mendes da Maia, fu responsabile del successo dell’assalto al castello moro. La riconquista di Óbidos fu una tappa finale nella conquista della regione della provincia di Estremadura, dopo gli insediamenti di Santarém, Lisbona e Torres Vedras. Dopo il controllo della regione, l’insediamento ricevette il suo primo foral (carta) nel 1195, durante il regno del re Sancho I. Nel 1210, il re Afonso II diede il titolo di questo villaggio alla regina Urraca. Da allora, Óbidos è stata spesso patrocinata dalle regine del Portogallo, dando origine al suo titolo informale di Vila das Rainhas (inglese: città delle regine); diverse consorti reali arricchirono il villaggio con donazioni dal Medioevo fino al XVI secolo.
Il castello e le mura di Óbidos furono rimodellate durante il regno di re Dinis I. La struttura in pietra calcarea e marmo fu rafforzata ed elaborata, mentre il mastio fu creato nel XIV secolo, dal re Fernando. All’epoca del primo progetto di ristrutturazione, l’insediamento era cresciuto anche oltre le porte del castello.
La chiesa di Santa Maria a Óbidos fu lo scenario del matrimonio del re Afonso V con sua cugina, la principessa Isabella di Coimbra, il 15 agosto 1441, quando entrambi erano ancora bambini rispettivamente di 9 e 10 anni. Le riforme amministrative condotte dal re Manuel I a Óbidos nel 1513, inclusero l’istituzione di uno statuto formale e un’importante riqualificazione dell’area urbana.
Il terremoto del 1755 causò danni alle mura del villaggio, ad alcune chiese e a molti edifici, e comportò la perdita di architetture di ispirazione araba o medievale. Allo stesso modo, le guerre peninsulari furono combattute nelle vicinanze di Óbidos, compresa la battaglia di Roliça. Più recentemente, il villaggio fu un centro di governo e luogo di incontro per coloro che parteciparono alla Rivoluzione dei Garofani del 1974, collegandolo alla rivolta del movimento delle forze armate.