Em 1931, o Serviço de Saúde Pública dos Estados Unidos estabeleceu uma Unidade de Higiene Dentária nos Institutos Nacionais de Saúde. Designado como o primeiro investigador dentário, o Dr. H. Trendley Dean estudou as comunidades afectadas pela doença oral conhecida como esmalte mosqueado. Após a implementação de um ensaio de fluorização da água em Grand Rapids, Michigan, o Instituto Nacional de Pesquisa Odontológica (NIDR), foi estabelecido pelo Presidente Harry S. Truman em 24 de junho de 1948. As primeiras bolsas e bolsas que apoiaram a pesquisa odontológica foram concedidas no ano seguinte.
Num esforço para expandir o NIDR, os planos para financiar a construção de um edifício para o instituto foram aprovados pelo Presidente Dwight D. Eisenhower em 1958. O Instituto Nacional de Pesquisa Odontológica também criou o Laboratório de Bioquímica para promover a pesquisa sobre a estrutura e as funções de várias proteínas. Continuando com esta expansão, foi aprovado em 1967 um subsídio para desenvolver várias instalações de pesquisa odontológica em várias universidades. Esse programa esperava estabelecer ambientes de pesquisa e treinamento, bem como promover abordagens interdisciplinares para o combate às doenças bucais.
Além do Laboratório de Bioquímica, outros laboratórios foram estabelecidos nos anos de 1974 e 1975. Estes laboratórios recém-criados concentraram-se no campo da medicina oral, bem como nos campos da microbiologia e imunologia. Outro esforço para expandir a pesquisa foi implementado uma década mais tarde. O Programa Dentist Scientist Award visava fornecer aos dentistas oportunidades e incentivos para a realização de pesquisas independentes sobre saúde bucal.
Em 1986, a pesquisa mais extensa sobre saúde bucal de adultos americanos foi concluída pelo NIDR. Este estudo foi o primeiro a examinar doenças de saúde bucal em larga escala e de forma detalhada. Após esta pesquisa, em 1993, foi criado o National Oral Health Information Clearinghouse. O objetivo deste banco de dados é fornecer recursos para profissionais de saúde, pacientes e o público em geral com relação à saúde bucal. Continuando com sua missão de distribuir informações importantes em saúde, o NIDR lançou seu site oficial em 1996.
Em seguida ao seu 50º aniversário, o NIDR mudou seu nome para Instituto Nacional de Pesquisa Dentária e Craniofacial (NIDCR).
Em 2001, o NIDCR lançou seu plano renovado para eliminar as disparidades em saúde oral nos Estados Unidos. O instituto deu seguimento a esse plano, estabelecendo cinco novos Centros de Pesquisa para Reduzir as Disparidades em Saúde Bucal.
Uma década depois, Martha J. Somerman foi indicada como oitava diretora do NIDCR. Através do fomento à pesquisa fundamental e ao desenvolvimento de pesquisadores, o NIDCR visa promover a saúde, prevenir doenças e condições e desenvolver novos diagnósticos e terapêuticas.
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