A régi város, Noto Antica, 8 km-re (5 mi) közvetlenül északra fekszik az Alveria-hegyen. A szicíliai eredetű város az ókorban Netum néven volt ismert. Kr. e. 263-ban a várost a rómaiak II Hierónak adományozták. A legenda szerint Daidalosz a városban szállt meg, miután átrepült a Jón-tengeren, akárcsak Herkules a hetedik feladata után. A római korban Verres magisztrátussal állt szemben.

A notói városháza látképe.

866-ban a muszlimok hódították meg, akik a sziget három kerületének egyikének (Val di Noto) fővárosává emelték a várost. 1091-ben Szicília utolsó iszlám erődítménye lett, amely a keresztények kezére került. Később gazdag normann várossá vált.

A 16. és 17. században a város több neves értelmiségi személyiségnek adott otthont, köztük Giovanni Aurispának, Andrea Barbazio és Antonio Corsetto jogászoknak, valamint Matteo Carnelivari építésznek és Mario Capuana zeneszerzőnek. 1503-ban III. Ferdinánd király a civitas ingeniosa (“Ötletes város”) címet adományozta neki. A következő évszázadokban a város terjeszkedett, túlnőtt középkori határain, és új épületek, templomok és kolostorok épültek.

Noto középkori városát az 1693-as szicíliai földrengés gyakorlatilag lerombolta. Állítólag a lakosság több mint fele meghalt a földrengésben. Úgy döntöttek, hogy a várost a jelenlegi helyén, az Asinaro folyó bal partján, a Jón-tenger partjához közelebb építik újjá. E körülményeknek köszönhetően a város egyedülálló építészeti homogenitással rendelkezik, mivel a város magja a szerencsétlenséget követő évtizedekben épült fel, a szicíliai barokk jellegzetes és jól megőrzött példájaként. Az alaprajz Giovanni Battista Landolina rácsos rendszerét követte, és a lejtős domboldalt használta ki a szcenográfiai hatások érdekében. Rosario Gagliardi, Francesco Sortino és mások építészek egyenként több szerkezet megtervezésében vettek részt. A várost Cesare Brandi “Kőkertnek” nevezte el, és jelenleg az UNESCO világörökségi listáján szerepel. Sok újabb építményt puha tufakőből építettek, amely napfényben mézes tónust vesz fel. A székesegyház egyes részei azonban 1996-ban váratlanul összeomlottak.

A város, amely 1817-ben elvesztette tartományi fővárosi státuszát, 1860. május 16-án fellázadt a Bourbon-ház ellen, és kapuit megnyitotta Giuseppe Garibaldi és expedíciója előtt. Öt hónappal később, október 21-én egy népszavazás megpecsételte Noto Piemonthoz csatolását.

1844-ben Noto egyházmegye lett, de 1866-ban megszüntették az egyházi céheket, amelyek mélyen kötődtek a város építményeihez és épületeihez.