1775-ben Biddle visszatért Észak-Amerikába, hogy felajánlja szolgálatait Pennsylvania államnak a brit uralom ellenzésében. Az amerikai függetlenségi háború kitörésekor a Pennsylvania-i Biztonsági Bizottság Biddle-t bízta meg a Franklin nevű fegyveres gálya parancsnokságával. 1775 decemberében Biddle-t felvették a kontinentális haditengerészethez, és a 14 ágyús Andrew Doria brigg kapitányává nevezték ki.

Biddle részt vett a New Providence elleni expedícióban, és 1776. április 6-án harcolt a kontinentális haditengerészet HMS Glasgow-val vívott akciójában. Biddle erősen kritikusan nyilatkozott az akcióról, megjegyezve, hogy Esek Hopkins parancsnok jelzései hiánya “helter skelter” akcióhoz vezetett. Biddle később számos hajót, köztük a brit hadsereg szállítóhajóit is elfoglalta későbbi hajóútjain.

Biddle később részt vett az Új-Fundland-öbölben tett hajóútján, amely annyira sikeres volt a hajók elfoglalásában, hogy amikor Biddle visszatért a kikötőbe, már csak öt matróz maradt a hajóján; a többiek a hajóút során zsákmányolt zsákmányok legénységét erősítették.

1776. június 6-án a Kontinentális Kongresszus kinevezte Biddle-t az akkor Philadelphiában épülő 32 ágyús fregatt, a Randolph parancsnokává. A hajót az év vége felé bocsátották vízre, és 1777 elején kihajózott. 1777 szeptemberében Biddle elfoglalta a HMS True Britont és annak háromhajós konvoját.

1778. március 7-én Barbadosnál a Randolph megtámadta a brit HMS Yarmouth 64 ágyús vonalhajót. Ahelyett, hogy megpróbált volna elmenekülni az erősebben felfegyverzett ellenfél elől, a Randolph harcba bocsátkozott egy amerikai kereskedelmi konvoj védelme érdekében. Egy szemtanú beszámolója szerint a fregatt jól tartotta magát a húszperces ütközetben, és úgy tűnt, hogy “négy vagy öt szélesszárnyút lőtt ki, míg a Yarmouth egyet”. Miután Biddle megsebesült, a Randolph hirtelen felrobbant, és négy kivételével a fedélzeten tartózkodó 305 ember, köztük Biddle is meghalt. A Randolph elvesztése súlyos csapás volt a fiatal kontinentális haditengerészet számára. Holtteste a tengerbe veszett, és soha nem került elő.

Bátyja, Edward Biddle az amerikai függetlenség elkötelezett híve volt, unokaöccse, Nicholas Biddle pedig megbecsült bankár.

Az Egyesült Államok haditengerészetének négy hajóját nevezték el USS Biddle-nek a tiszteletére.

Cyrus Townsend Brady For Love of Country című könyve részben Nicholas Biddle életén alapszik.

Cyrus Townsend Brady For Love of Country című könyve részben Nicholas Biddle életén alapul.