1999-2004: Szerkesztés
A Necrophagist debütáló albuma, az Onset of Putrefaction már évek óta nem kapható. Az albumon az ütőhangszereket egy dobgép kezelte. Végül egy új kiadás készült Hannes Grossmann által felvett dobmintákkal. Az összes régi gitár-, basszusgitár- és vokálsávot a vadonatúj dobmintákkal együtt keverték össze. Az újrakiadás két dalt is tartalmaz a Necrophagist 1995-ös, azonos című demókazettájáról. Az egész albumot szintén a Necrophagist régóta dolgozó hangmérnöke és producere, Christoph Brandes készítette a The Iguana Studiosban. A lemezt Bob Katz masterelte a floridai Orlandóban található “Digital Domain”-nél. Az újrakiadást 2004-ben a Willowtip adta ki az Egyesült Államokban/Kanadában és a Relapse a világ többi részén. 2001 augusztusában a Necrophagist fellépett a csehországi Brutal Assault szabadtéri fesztiválon. A zenekar 2003-ban, 2005-ben és 2010-ben is visszatért, hogy fellépjen.
2004-2012: Turnézás és folyamatos felállásváltásokSzerkesztés
2006. február 10-én bejelentették, hogy Christian Münzner távozott a zenekarból időbeosztási problémák miatt. Később csatlakozott az Obscura nevű death metal bandához. Találtak egy helyettes gitárost, Sami Raatikainen személyében, aki a finnországi Helsinkiből származik. Sami a Codeon együttesben is játszik.
2006-ban a banda amerikai turnéra vállalkozott “Carving North America’s Epitaph” címmel. A Necrophagist ezen a turnén csatlakozott az Arsis, az Alarum, a Neuraxis, az Ion Dissonance, a Cattle Decapitation és a Thine Eyes Bleed. A Dying Fetusszal együtt a Cannibal Corpse-t támogatták az őszi amerikai turnéjukon, amely néhány kanadai helyszínt is érintett.
2007-ben a zenekar bejelentette a Myspace profilján, hogy a 2007-es kaliforniai Metalfest után Hannes Grossmann dobos elhagyja a bandát. Hannes kijelentette, hogy nem tudta vállalni a zenekar teljes munkaidős turnétervét. Marco Minnemann (aki játszott már Paul Gilberttel, Terry Bozzio-val, Chad Wackerman-nel) volt Hannes hivatalos állandó helyettese.
A Necrophagist volt az egyik fő fellépője a 2007-es The Summer Slaughter Tournak, melyen számos más extrém metal zenekar, többek között a Decapitated, Arsis, The Faceless, Cephalic Carnage, As Blood Runs Black és Cattle Decapitation is fellépett.
2008 áprilisában a Necrophagist bejelentette, hogy Romain Goulon csatlakozik a bandához, mint új dobos, Minnemann helyett, aki továbbra is Suiçmezzel dolgozik egy mellékprojekten.
A Necrophagist 2008-ban a “Pillage the Village Tour”-on játszott 2008. augusztus 26-tól 2008. szeptember 10-ig a death metal bandákkal, a Dying Fetusszal és a Beneath the Massacre-rel. A koncerteken egyes területeken a Carcass, a Suffocation, az 1349 és az Aborted is fellépett.
2008-ban a Necrophagist elkezdett dolgozni a következő albumán az új dobossal, Romain Goulonnal. A pletykák szerint a két lehetséges név a “The Path to Naught” és a “Death to the Faithful” volt. Suiçmez kijelentette, hogy a zenekar héthúros gitárokat fog használni az albumon. Maga Muhammed egy új custom shop Ibanez Xiphos gitárral fog felvételt készíteni, amely 7 húros, valamint 27 bundos. Sami Raatikainen mostantól Ibanez Guitar endorser, és egy 7 húros RG-sorozatú gitárt használ a színpadon.
2012-: HiatusEdit
2012-ben nem tudni, hogy a Necrophagist még mindig aktív-e, vagy tervezi-e az Epitaph folytatásának kiadását. Ez rengeteg találgatáshoz vezetett a rajongók részéről, akiket összezavart az album hosszú várakozása. Azonban egy 2012 augusztusában tett nyilatkozatában az egykori dobos, Marco Minnemann kijelentette, hogy valóban van előrelépés az új albummal kapcsolatban: “Tudom, hogy az emberek annyira várják az új Necro albumot. Muhammed nagyon közeli barátom, és tudom, hogy nagyon fontos neki, hogy a lehető legjobb albumot hozza ki. De én személyesen tudom, hogy van előrelépés….hangzik, biztos vagyok benne, hogy leszállítja az árut.”
2013. szeptember 11-én Romain Goulon dobos nyilatkozatot adott ki, miszerint a Necrophagist még mindig aktív és próbálkozik egy új album felvételével, azonban nem jelezte, hogy mikor fog megjelenni. Majd 2016. április 4-én Goulon egy Facebook-kommentre válaszolva kijelentette: “Keresünk egy koporsót, hogy meggyászoljuk a halottakat”, utalva arra, hogy a Necrophagist nem fog zenekarként továbblépni.