OntoBee AberOWL OLS NCBI

Az NCBITaxon ontológia az NCBI taxonómiai adatbázisának automatikus fordítása obo/owl nyelvre.

A fordítás minden taxont obo/owl osztályként kezel, amelynek példányai (az ontológia legtöbb ágában) egyedi szervezetek lennének. Például:

'Craig Venter' instance_of NCBITaxon_9606 (Homo sapiens)

A fordítás hűen visszaadja a forrásadatbázis teljes tartalmát, még ott is, ahol ez ellentétes az OBO irányelvekkel. Például:

• A gyökérosztály neve ‘gyökér’, nem pedig valami olyasmi, mint ‘organizmus’
• A többes számnevek használatosak (mind a Linnae-i, mind a köznapi nevek). Pl. “emlősök”
• Az egyes osztályok szervezetisége vitatható – akár biológiailag (“vírusok”), akár ontológiailag (“környezeti minták”)
• A szinonimák a szöveg részeként idézőjeleket is tartalmazhatnak

PURL-ek

Az ontológia purljai a következők:

• http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon.owl (az ontológia hivatalos purl-ja)
• http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon.obo (obo-formátumú változat)

A PURL-eknek feloldhatónak kell lenniük az OntoBee-ben. Pl.

• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_9606 (Homo sapiens)
• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_7711 (Chordates)
• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_7955 (Danio rerio)

Releases

Az obo/owl kiadása akkor történik, amikor a Continuous IntegrationJob kézi indítású. Jelenleg ezt egy OBO adminisztrátornak kell megtennie. Jelenleg nincs fix ciklusa, és ez általában igény szerint történik. Az ezt informálisan kezelő csapat a következő:

• James Overton, IEBD/OBO
• Frederic Bastian, BgeeDb/Uberon
• Chris Mungall, LBNL/GO/Monarch/Uberon/OBO
• Peter Midford, Phenoscape

Az ezzel kapcsolatos észrevételekért fordulj a levelezési listához (lásd alább).

Kiterjesztések

A GO az NCBITaxon egy kiterjesztését használja csoportosítási célokra. Lásd:

• http://purl.obolibrary.org/obo/go/extensions/go-taxon-groupings.owl

ez az ontológia új osztályokat tartalmaz az NCBITaxon_Union névtérben. Ezek az osztályok mind unióval vannak definiálva – például Prokaryote = Eubacteria OR Archae

Taxon Constraints

Az NCBITaxon ontológia egyik fő felhasználási területe a taxon megkötések definiálása egy többfajú ontológiában. Részletesebben lásd:

• Waclaw Kusnierczyk (2008) Taxonomy-based partitioning of the Gene Ontology, Journal of Biomedical Informatics
• Deegan Née Clark, J. I., Dimmer, E. C., and Mungall, C. J. (2010). Taxon-alapú megkötések formalizálása a következetlenségek felderítésére az annotáció és az ontológiafejlesztés során. *BMC Bioinformatics 11, 530**
• Taxon constraints in OWL (blogbejegyzés)
• Taxon constraints in Uberon
• A Taxonomy for Immunologists ICBO 2013

Mailing Lists

• https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/obo-taxonomy
• http://groups.google.com/group/obo-taxonomy

Tracker

Megjegyzendő, hogy ez abban különbözik más OBO ontológiáktól, hogy ez egy OBO-n kívül előállított adatbázis fordítása. Ha tényleges taxonómiai változtatásokat szeretne javasolni az adatbázisban, lépjen kapcsolatba az NCBI-vel.

Az NCBI munkatársai nagyon készségesek és segítőkészek, ahogy ez a Bgee csapatának bejegyzése is mutatja

Ha változtatásokat szeretne javasolni a fordításban, akkor lépjen kapcsolatba a fenntartóval vagy a fenti levelezési listán.

Az NCBITaxon ontológia idézése

Az idézés előtt kérdezd meg magadtól, hogy mi az az artefaktum, amit idézni szeretnél:

• Az NCBI taxonómiai adatbázis
• Az NCBI taxonómiai adatbázis OBO/OWL renderelése

Az utóbbi egy meglehetősen triviális fordítása az előbbinek. Ha bármilyen módon idézed a tartalmat, akkor az adatbázist kell idézned. Jelenleg a legfrissebb hivatkozás:

• Federhen, Scott. Az NCBI taxonómiai adatbázisa. Nucleic acids research 40.D1 (2012): D136-D143. http://nar.oxfordjournals.org/content/40/D1/D136.short

Ha kifejezetten az OBO/OWL fordítást kívánja idézni, használja ennek az oldalnak az URL-jét