1931-ben az Egyesült Államok Közegészségügyi Szolgálata a National Institutes of Health-en belül létrehozta a Dental Hygiene Unit-ot. Az első fogászati kutatóként kijelölt Dr. H. Trendley Dean a foltos zománc néven ismert szájbetegség által érintett közösségeket tanulmányozta. A Michigan állambeli Grand Rapidsban végrehajtott vízfluoridálási kísérletet követően Harry S. Truman elnök 1948. június 24-én létrehozta a Nemzeti Fogászati Kutatóintézetet (NIDR). Az első, fogászati kutatásokat támogató ösztöndíjakat és ösztöndíjakat a következő évben ítélték oda.

A NIDR bővítése érdekében Dwight D. Eisenhower elnök 1958-ban jóváhagyta az intézet épületének finanszírozására vonatkozó terveket. A Nemzeti Fogászati Kutatóintézet létrehozta a Biokémiai Laboratóriumot is a különböző fehérjék szerkezetével és funkcióival kapcsolatos kutatások előmozdítására. A bővítés folytatásaként 1967-ben támogatást hagytak jóvá több, különböző egyetemeken működő fogászati kutatási létesítmény fejlesztésére. Ez a program azt remélte, hogy kutatási és képzési környezetet hoz létre, valamint elősegíti a szájbetegségek elleni küzdelem interdiszciplináris megközelítését.

A Biokémiai Laboratórium mellett 1974-ben és 1975-ben más laboratóriumokat is létrehoztak. Ezek az újonnan létrehozott laboratóriumok a szájgyógyászat, valamint a mikrobiológia és az immunológia területére összpontosítottak. A kutatás bővítésére irányuló újabb erőfeszítést egy évtizeddel később hajtottak végre. A Dentist Scientist Award Program célja az volt, hogy a fogorvosoknak lehetőséget és ösztönzést nyújtson a szájegészségüggyel kapcsolatos független kutatásokra.

1986-ban az NIDR elkészítette az amerikai felnőttek fogászati egészségéről szóló legkiterjedtebb felmérést. Ez a tanulmány volt az első, amely nagy és részletes léptékben vizsgálta a szájüregi betegségeket. Ezt a felmérést követően 1993-ban létrehozták a Nemzeti Szájegészségügyi Információs Információs Központot (National Oral Health Information Clearinghouse). Ennek az adatbázisnak a célja, hogy forrásokat biztosítson az egészségügyi szakemberek, a betegek és a nagyközönség számára a szájegészségüggyel kapcsolatban. Folytatva a fontos egészségügyi információk terjesztésére irányuló küldetését, az NIDR 1996-ban elindította hivatalos honlapját.

Az NIDR 50. évfordulóját követően az NIDR nevét Nemzeti Fogászati és Craniofaciális Kutatási Intézetre (National Institute of Dental and Craniofacial Research, NIDCR) változtatta.

2001-ben az NIDCR közzétette megújított tervét a szájegészségügyi egyenlőtlenségek megszüntetésére az Egyesült Államokban. Az intézet ezt a tervet öt új, a szájegészségügyi egyenlőtlenségek csökkentését célzó kutatási központ létrehozásával követte.

Egy évtizeddel később Martha J. Somermant nevezték ki az NIDCR nyolcadik igazgatójának. Az NIDCR célja az alapkutatás ápolásával és a kutatók fejlesztésével az egészség előmozdítása, a betegségek és állapotok megelőzése, valamint új diagnosztikai és terápiás eljárások kifejlesztése.